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- PDB-8gl8: The Type 9 Secretion System Extended Translocon - SprA-PorV-PPI-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gl8
タイトルThe Type 9 Secretion System Extended Translocon - SprA-PorV-PPI-RemZ-SkpA-SprE complex
要素
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp
  • Protein involved in gliding motility SprA
  • RemZ
  • SprE
  • Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / T9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - RemZ Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / unfolded protein binding / protein stabilization / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperone protein Skp / Skp domain superfamily / Outer membrane protein (OmpH-like) / Outer membrane protein (OmpH-like) / Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein ...Chaperone protein Skp / Skp domain superfamily / Outer membrane protein (OmpH-like) / Outer membrane protein (OmpH-like) / Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2/11 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp / Protein involved in gliding motility SprA / SprE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein / T9SS sorting signal type C domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 英国, European Union, 米国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust219477/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
European Research Council (ERC)833713European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007474/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021264/1 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport
著者: Lauber, F. / Deme, J.C. / Liu, X. / Kjaer, A. / Miller, H.L. / Alcock, F. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2023年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein involved in gliding motility SprA
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
F: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
D: RemZ
G: Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp
C: Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp
E: Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp
I: SprE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)669,08915
ポリマ－667,0038
非ポリマー2,0867
水19,5821087
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 8分子 ABFDGCEI

#1: タンパク質 Protein involved in gliding motility SprA


分子量: 270221.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5G5I4
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 19219.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5F9W9
#3: タンパク質 Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein


分子量: 44210.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FJM7
#4: タンパク質 RemZ


分子量: 113146.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A5FLT3
#5: タンパク質 Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp


分子量: 39643.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A0A1M5G3C1
#6: タンパク質 SprE


分子量: 101274.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
参照: UniProt: A1E5T9

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糖 , 1種, 6分子

#8: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 1088分子

#7: 化合物 ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon / タイプ: COMPLEX / 詳細: SkpA-SprE-Nterm SprA part of complex / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 61.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4742精密化
PHENIXdev_4742精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SIMPLE3粒子像選択
4SIMPLE3CTF補正
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 546490 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.76 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002732833
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.526544400
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04254821
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00345825
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.02794472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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