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- PDB-8gkf: Phosphopantetheinyl transferase PptT from Mycobacterium tuberculo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gkf
タイトルPhosphopantetheinyl transferase PptT from Mycobacterium tuberculosis in complex with Raltitrexed.
要素4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / complex / inhibitor (酵素阻害剤) / drug (薬物) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TOMUDEX / 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Krieger, I.V. / Singh, A. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-040487 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AIO95208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Redirecting raltitrexed from cancer cell thymidylate synthase to Mycobacterium tuberculosis phosphopantetheinyl transferase.
著者: Singh, A. / Ottavi, S. / Krieger, I. / Planck, K. / Perkowski, A. / Kaneko, T. / Davis, A.M. / Suh, C. / Zhang, D. / Goullieux, L. / Alex, A. / Roubert, C. / Gardner, M. / Preston, M. / ...著者: Singh, A. / Ottavi, S. / Krieger, I. / Planck, K. / Perkowski, A. / Kaneko, T. / Davis, A.M. / Suh, C. / Zhang, D. / Goullieux, L. / Alex, A. / Roubert, C. / Gardner, M. / Preston, M. / Smith, D.M. / Ling, Y. / Roberts, J. / Cautain, B. / Upton, A. / Cooper, C.B. / Serbina, N. / Tanvir, Z. / Mosior, J. / Ouerfelli, O. / Yang, G. / Gold, B.S. / Rhee, K.Y. / Sacchettini, J.C. / Fotouhi, N. / Aube, J. / Nathan, C.
履歴
登録2023年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
C: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
D: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
E: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
F: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
G: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
H: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
I: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,07118
ポリマ－230,9449
非ポリマー4,1269
水1,35175
1
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PISA
5
E: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PISA
6
F: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
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水181
タイプ名称対称操作数
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手法PISA
7
G: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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手法PISA
8
H: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PISA
9
I: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1192
ポリマ－25,6601
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.830, 141.830, 209.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

HOH

21B-419-

HOH

31B-420-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 56 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 56 and (name N or name...
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d_5ens_1(chain "E" and ((resid 56 and (name N or name...
d_6ens_1(chain "G" and ((resid 56 and (name N or name...
d_7ens_1(chain "H" and ((resid 56 and (name N or name...
d_8ens_1(chain "I" and ((resid 56 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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d_810ens_1VALVALQ180
d_811ens_1ARGARGQ182
d_812ens_1LEUALAQ210 - 216

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996455948817, -0.062610932923, -0.0561730642356), (-0.0615433583428, 0.997893051381, -0.0205395484326), (0.0573407107647, -0.0170096762002, -0.998209754413)-69.3686994555, 21.5225107105, 55.1686854187
2given(0.994011221863, 0.0976412220004, 0.0490701801075), (-0.0988969914259, 0.994811949173, 0.0238447241362), (-0.0464873735161, -0.028554816555, 0.998510664217)46.6132703112, -2.00761495594, -2.01452003206
3given(-0.105851854152, 0.993488527122, 0.0421418016979), (0.992902266047, 0.103288304643, 0.0589628374701), (0.0542261473011, 0.0480840160734, -0.997370268429)-49.9449579684, 45.0655881671, 2.59363162436
4given(-0.999767229153, 0.00434034252582, -0.021134070567), (0.00405069846528, 0.999897552738, 0.0137286514645), (0.0211914924891, 0.0136398480874, -0.999682387156)-118.103311001, -21.0075966404, 52.7314943562
5given(0.191304641817, -0.981009170147, -0.0319928446265), (0.980903330616, 0.18991555837, 0.0419611329241), (-0.0350883172372, -0.0394092473543, 0.998606890231)-64.9489621487, 22.6237055839, 50.1736397145
6given(0.997579252703, 0.0681800624875, 0.0136789493547), (-0.0694295686908, 0.987570521268, 0.14101063972), (-0.00389481291708, -0.141619012149, 0.98991357493)-49.2455376465, -49.8933179966, 1.04066923183
7given(-0.995413478267, -0.0810213495335, -0.0508679486876), (-0.0813822085098, 0.99667012252, 0.00505994210671), (0.0502886013127, 0.00917648057883, -0.998692569704)-70.8346190171, -27.5162742515, 55.205866479

-
要素

#1: タンパク質
4'-phosphopantetheinyl transferase PptT / PPTase


分子量: 25660.471 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pptT, Rv2794c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O33336, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物
ChemComp-D16 / TOMUDEX / ZD1694 / Raltitrexed / ラルチトレキセド / Raltitrexed


分子量: 458.488 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: K/Na Tartrate, imidazole buffer pH 8.0, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→117.49 Å / Num. obs: 86872 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 39.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.291 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.448→2.558 Å / Rmerge(I) obs: 2.086 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4279 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 2.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→21.08 Å / SU ML: 0.4206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1988
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3258 3604 5.01 %
Rwork0.2815 68284 -
obs0.2837 71888 90.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→21.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13905 0 288 75 14268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005914561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.997119904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06612253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9695300
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.286489328427
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.49025210734
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.435844614097
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.348335420055
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.561084049714
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS5.98797399874
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.5261434217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.480.4027320.3434566X-RAY DIFFRACTION19.88
2.48-2.510.3881460.339969X-RAY DIFFRACTION34.11
2.51-2.550.4116720.3241524X-RAY DIFFRACTION53.58
2.55-2.590.38951320.34672118X-RAY DIFFRACTION74.8
2.59-2.630.4011590.33162562X-RAY DIFFRACTION90.88
2.63-2.670.38651400.34712776X-RAY DIFFRACTION97.14
2.67-2.720.33071650.33322837X-RAY DIFFRACTION99.5
2.72-2.770.38541460.33842831X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.820.35731490.33362877X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.880.40751300.31872878X-RAY DIFFRACTION99.97
2.88-2.940.32941420.31762855X-RAY DIFFRACTION99.97
2.94-3.010.35181520.31792858X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.080.36221690.3022869X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.170.34761640.2952850X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.260.35931540.30442849X-RAY DIFFRACTION99.9
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3.36-3.480.35981400.28622883X-RAY DIFFRACTION99.8
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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