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- PDB-8gk3: Cytochrome P450 3A7 in complex with Dehydroepiandrosterone sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gk3
タイトルCytochrome P450 3A7 in complex with Dehydroepiandrosterone sulfate
要素Cytochrome P450 3A7
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans retinoic acid 18-hydroxylase activity / retinoic acid 4-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / oxidative demethylation / steroid biosynthetic process / Xenobiotics / estrogen metabolic process / retinol metabolic process ...all-trans retinoic acid 18-hydroxylase activity / retinoic acid 4-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / oxidative demethylation / steroid biosynthetic process / Xenobiotics / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid metabolic process / steroid hydroxylase activity / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / Cytochrome P450 3A7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI150494 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Human cytochrome P450 3A7 binding four copies of its native substrate dehydroepiandrosterone 3-sulfate.
著者: Liu, J. / Kandel, S.E. / Lampe, J.N. / Scott, E.E.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.02023年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conn
Item: _chem_comp.id / _chem_comp.name ..._chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A7
B: Cytochrome P450 3A7
C: Cytochrome P450 3A7
D: Cytochrome P450 3A7
E: Cytochrome P450 3A7
F: Cytochrome P450 3A7
G: Cytochrome P450 3A7
H: Cytochrome P450 3A7
I: Cytochrome P450 3A7
J: Cytochrome P450 3A7
K: Cytochrome P450 3A7
L: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)680,80548
ポリマ－664,56412
非ポリマー16,24236
水57632
1
A: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7344
ポリマ－55,3801
非ポリマー1,3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7344
ポリマ－55,3801
非ポリマー1,3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4716
ポリマ－55,3801
非ポリマー2,0905
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8397
ポリマ－55,3801
非ポリマー2,4596
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4716
ポリマ－55,3801
非ポリマー2,0905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9972
ポリマ－55,3801
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9972
ポリマ－55,3801
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1025
ポリマ－55,3801
非ポリマー1,7224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7344
ポリマ－55,3801
非ポリマー1,3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7344
ポリマ－55,3801
非ポリマー1,3533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9972
ポリマ－55,3801
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cytochrome P450 3A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9972
ポリマ－55,3801
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.516, 219.381, 130.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.165, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 3A7 / CYPIIIA7 / Cytochrome P450-HFLA / P450HLp2


分子量: 55380.324 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24462, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物...
ChemComp-ZWY / 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / Dehydroepiandrosterone sulfate / DHEA sulfate / DHEA-S / デヒドロエピアンドロステロンスルファ-ト


分子量: 368.488 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Lithium acetate dihydrate, pH 7.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.94 Å / Num. obs: 190994 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 68.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Num. unique obs: 27624 / CC1/2: 0.473 / Rpim(I) all: 0.878

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER1.18.2_3874位相決定
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→39.94 Å / SU ML: 0.4959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.2787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1999 1.05 %
Rwork0.2098 187688 -
obs0.2105 189687 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44268 0 1116 32 45416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011346629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26163555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09937112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00787891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.81217437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.44161310.380912287X-RAY DIFFRACTION90.34
2.66-2.740.39291420.354313367X-RAY DIFFRACTION98.54
2.74-2.820.371440.332313435X-RAY DIFFRACTION98.93
2.82-2.910.35941430.303713494X-RAY DIFFRACTION99.26
2.91-3.010.37641440.28813441X-RAY DIFFRACTION98.87
3.01-3.130.36211420.288513344X-RAY DIFFRACTION98.32
3.13-3.270.31851440.269313588X-RAY DIFFRACTION99.49
3.27-3.450.33951450.256213505X-RAY DIFFRACTION99.44
3.45-3.660.31561420.231713471X-RAY DIFFRACTION99.3
3.66-3.950.27951440.209913454X-RAY DIFFRACTION98.59
3.95-4.340.26721450.179813553X-RAY DIFFRACTION99.45
4.34-4.970.21991440.164913523X-RAY DIFFRACTION99.16
4.97-6.260.23351440.18613590X-RAY DIFFRACTION99.47
6.26-39.940.2051450.15713636X-RAY DIFFRACTION98.85

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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