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- PDB-8gft: Hsp90 provides platform for CRaf dephosphorylation by PP5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gft
タイトルHsp90 provides platform for CRaf dephosphorylation by PP5
要素
  • Heat shock protein HSP 90-beta
  • Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
  • Serine/threonine-protein phosphatase 5
キーワードCHAPERONE / kinase / phosphatase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / peptidyl-serine dephosphorylation / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / death-inducing signaling complex assembly / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization ...regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / peptidyl-serine dephosphorylation / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / death-inducing signaling complex assembly / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / intermediate filament cytoskeleton organization / histone methyltransferase binding / dynein axonemal particle / receptor ligand inhibitor activity / proximal dendrite / positive regulation of type 2 mitophagy / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / protein kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Rap1 signalling / positive regulation of protein localization to cell surface / ATP-dependent protein binding / type B pancreatic cell proliferation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / post-transcriptional regulation of gene expression / GP1b-IX-V activation signalling / protein-serine/threonine phosphatase / response to morphine / Respiratory syncytial virus genome replication / telomerase holoenzyme complex assembly / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Uptake and function of diphtheria toxin / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / TPR domain binding / dendritic growth cone / face development / cellular response to cadmium ion / protein serine/threonine phosphatase activity / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / phosphatase activity / thyroid gland development / pseudopodium / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / The NLRP3 inflammasome / protein phosphatase activator activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of protein ubiquitination / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / HSF1-dependent transactivation / protein folding chaperone complex / MAP kinase kinase kinase activity / response to unfolded protein / G-protein alpha-subunit binding / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / type II interferon-mediated signaling pathway / Attenuation phase / HSF1 activation / Schwann cell development / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / axonal growth cone / telomere maintenance via telomerase / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of protein-containing complex assembly / protein targeting / response to muscle stretch / Signaling by ERBB2 / negative regulation of MAPK cascade / supramolecular fiber organization / heat shock protein binding / DNA polymerase binding / phosphoprotein phosphatase activity / peptide binding / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein folding chaperone / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / ESR-mediated signaling / cellular response to interleukin-4 / Hsp70 protein binding
類似検索 - 分子機能
Cdc37, Hsp90 binding domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain ...Cdc37, Hsp90 binding domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Tetratricopeptide repeat / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / : / Tetratricopeptide repeat domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Metallo-dependent phosphatase-like / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / C1-like domain superfamily / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Heat shock protein HSP 90-beta / Serine/threonine-protein phosphatase 5 / Hsp90 co-chaperone Cdc37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Jaime-Garza, M. / Nowotny, C.A. / Coutandin, D. / Wang, F. / Tabios, M. / Agard, D.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD026881 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Hsp90 provides a platform for kinase dephosphorylation by PP5.
著者: Maru Jaime-Garza / Carlos A Nowotny / Daniel Coutandin / Feng Wang / Mariano Tabios / David A Agard /
要旨: The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is ...The Hsp90 molecular chaperone collaborates with the phosphorylated Cdc37 cochaperone for the folding and activation of its many client kinases. As with many kinases, the Hsp90 client kinase CRaf is activated by phosphorylation at specific regulatory sites. The cochaperone phosphatase PP5 dephosphorylates CRaf and Cdc37 in an Hsp90-dependent manner. Although dephosphorylating Cdc37 has been proposed as a mechanism for releasing Hsp90-bound kinases, here we show that Hsp90 bound kinases sterically inhibit Cdc37 dephosphorylation indicating kinase release must occur before Cdc37 dephosphorylation. Our cryo-EM structure of PP5 in complex with Hsp90:Cdc37:CRaf reveals how Hsp90 both activates PP5 and scaffolds its association with the bound CRaf to dephosphorylate phosphorylation sites neighboring the kinase domain. Thus, we directly show how Hsp90's role in maintaining protein homeostasis goes beyond folding and activation to include post translationally modifying its client kinases.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-beta
B: Heat shock protein HSP 90-beta
C: Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed
D: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
E: Serine/threonine-protein phosphatase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,82513
ポリマ－304,6545
非ポリマー1,1718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, FCS was used to test for PP5 binding of Hsp90:Cdc37:CRaf complex., cross-linking, Complex was crosslinked and ran through a sizing column. The complex was the ...根拠: assay for oligomerization, FCS was used to test for PP5 binding of Hsp90:Cdc37:CRaf complex., cross-linking, Complex was crosslinked and ran through a sizing column. The complex was the expected size for the Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complex., 電子顕微鏡法, All four components can be seen in the assembly. PP5 is heterogeneously bound to the complex., gel filtration, The Hsp90:Cdc37:CRaf complex was incubated with PP5, ran through a sizing column, and analyzed by running a gel. All four components co-eluted and were present.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-beta / HSP 90 / Heat shock 84 kDa / HSP 84 / HSP84


分子量: 83595.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Hsp90 sequence with HRV 3C cleavage site and one residue glycine linker.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AB1, HSP90B, HSPC2, HSPCB / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): JEL1 / 参照: UniProt: P08238
#2: タンパク質 Hsp90 co-chaperone Cdc37, N-terminally processed


分子量: 45352.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cdc37 followed by HRV 3C cleavage site at C-terminal of construct.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC37, CDC37A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): JEL1 / 参照: UniProt: Q16543
#3: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 34926.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CRaf/Raf1 kinase domain followed by a LPESG linker, Strep Tag II sequence (WSHPQFEK) and a HRV 3C cleavage site (LEVLFQ).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): JEL1
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 5 / PP5 / Protein phosphatase T / PP-T / PPT


分子量: 57184.730 Da / 分子数: 1 / Mutation: H304A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HRV 3C cleavage site followed by GS linker and PP5 sequence.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP5C, PPP5 / プラスミド: pQiq / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P53041, protein-serine/threonine phosphatase

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非ポリマー , 5種, 8分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Hsp90:Cdc37:CRaf:PP5 complexCOMPLEXYeast purified Hsp90:Cdc37:CRaf complex incubated with e. Coli purified PP5 (mutant H304A). Sample then cross-linked with 0.05% glutaraldehyde for 15m at room temperature, and ran over S200 sizing column.#1-#40RECOMBINANT
2Protein Phosphatase 5 (H304A)COMPLEXE coli purified Protein Phosphatase 5, with inactivating H304A mutation.#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.304 MDaNO
210.057 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932JEL-183 nu yeast expression vector
32Escherichia coli (大腸菌)562BL21pqiq vector
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
250 mMKClKCl1
310 mMMagnesium ChlorideMgCl21
40.5 mMTCEPC9H15O6P1
51 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 0.09 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K
詳細: 3uL OF SAMPLE, 10C, 100% HUMIDITY, 30S WAIT TIME, 3S BLOT TIME, -2 BLOT FORCE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 69 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4160

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM3.8-beta画像取得
4RELION3.1.3CTF補正
7ISOLDE1.0b3モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9UCSF ChimeraX1.2.5モデルフィッティング
10Rosetta3.11モデルフィッティング
11PHENIX1.20.1-4487モデルフィッティング
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
14RELION3.1.3初期オイラー角割当
15RELION3.1.3最終オイラー角割当
16RELION3.1.3分類
17RELION3.1.3３次元再構成
18UCSF ChimeraX1.2.5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3730385 / 詳細: Gaussian blob particle picking in cryosparc.
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 545237 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Three different maps were used for final composite map: Hsp90:Cdc37: 288k particles, 3.2A PP5 TPR: 215k particles, 3.3A PP5 catalytic domain: 43k particles, 3.8A Composite half maps were used ...詳細: Three different maps were used for final composite map: Hsp90:Cdc37: 288k particles, 3.2A PP5 TPR: 215k particles, 3.3A PP5 catalytic domain: 43k particles, 3.8A Composite half maps were used to get the final resolution in Relion PostProcessing. All original maps provided in the "Related entries" tab.
クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: This model was built using rigid body docking in Chimera and ChimeraX for all main chains, and RosettaCM to add remaining fragments not included in previous models. Refinement was done using ...詳細: This model was built using rigid body docking in Chimera and ChimeraX for all main chains, and RosettaCM to add remaining fragments not included in previous models. Refinement was done using iterative Phenix and RosettaRelax, and finalized with ISOLDE.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15FWL

5fwl

15FWL1PDBexperimental model
21WAO

1wao

11WAO2PDBexperimental model
31S95

1s95

11S953PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00618120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58124379
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.9526970
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052652
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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