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- PDB-8get: R. hominis 2 beta-glucuronidase bound to norquetiapine-glucuronide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8get
タイトルR. hominis 2 beta-glucuronidase bound to norquetiapine-glucuronide
要素beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucuronidase / inhibitor / glucuronide
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 ...Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranuronic acid / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Glycoside hydrolase family 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Roseburia hominis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Simpson, J.B. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135218 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2024
タイトル: Gut microbial beta-glucuronidases influence endobiotic homeostasis and are modulated by diverse therapeutics.
著者: Simpson, J.B. / Walker, M.E. / Sekela, J.J. / Ivey, S.M. / Jariwala, P.B. / Storch, C.M. / Kowalewski, M.E. / Graboski, A.L. / Lietzan, A.D. / Walton, W.G. / Davis, K.A. / Cloer, E.W. / ...著者: Simpson, J.B. / Walker, M.E. / Sekela, J.J. / Ivey, S.M. / Jariwala, P.B. / Storch, C.M. / Kowalewski, M.E. / Graboski, A.L. / Lietzan, A.D. / Walton, W.G. / Davis, K.A. / Cloer, E.W. / Borlandelli, V. / Hsiao, Y.C. / Roberts, L.R. / Perlman, D.H. / Liang, X. / Overkleeft, H.S. / Bhatt, A.P. / Lu, K. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-galactosidase
B: beta-galactosidase
C: beta-galactosidase
D: beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,27618
ポリマ－344,2094
非ポリマー3,06814
水00
1
A: beta-galactosidase
C: beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,9599
ポリマ－172,1042
非ポリマー1,8557
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: beta-galactosidase
ヘテロ分子

D: beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3179
ポリマ－172,1042
非ポリマー1,2137
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1/2,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)100.466, 146.290, 281.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
beta-galactosidase


分子量: 86052.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Roseburia hominis (バクテリア) / 遺伝子: DWX93_05255 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A395V8I7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-ZG5 / 11-(4-beta-D-glucopyranuronosylpiperazin-1-yl)dibenzo[b,f][1,4]thiazepine


分子量: 471.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O6S
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.17 M Ammonium Acetate, 0.085M Sodium Citrate:HCl, pH 5.6 and 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.05 Å / Num. obs: 82560 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 65.6 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06691 / Rpim(I) all: 0.06691 / Rrim(I) all: 0.09463 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 0.5845 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 8379 / CC1/2: 0.627 / CC star: 0.878 / Rpim(I) all: 0.5845 / Rrim(I) all: 0.8266

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→48.05 Å / SU ML: 0.475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.8081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1999 2.42 %
Rwork0.224 80509 -
obs0.2251 82508 89.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20463 0 207 0 20670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003221232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.609628908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00343760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04017449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.39871440.3645794X-RAY DIFFRACTION91.03
2.97-3.050.42331450.34025863X-RAY DIFFRACTION91.21
3.05-3.140.34421440.31695788X-RAY DIFFRACTION91.01
3.14-3.240.37931440.29965798X-RAY DIFFRACTION90.75
3.24-3.360.35121420.29315747X-RAY DIFFRACTION89.87
3.36-3.490.3841440.25655779X-RAY DIFFRACTION90.57
3.49-3.650.28381440.23585783X-RAY DIFFRACTION90.21
3.65-3.850.25911430.22045738X-RAY DIFFRACTION89.34
3.85-4.090.26651420.21025753X-RAY DIFFRACTION89.36
4.09-4.40.24661410.19045672X-RAY DIFFRACTION87.92
4.4-4.840.21381420.16895695X-RAY DIFFRACTION88.07
4.84-5.550.21951410.18495712X-RAY DIFFRACTION87.48
5.55-6.980.24211410.2095647X-RAY DIFFRACTION86.03
6.98-48.050.20511420.20215740X-RAY DIFFRACTION84.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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