+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gen | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. eligens beta-glucuronidase bound to UNC10201652-glucuronide | ||||||
要素 | Beta-glucuronidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-glucuronidase / inhibitor (酵素阻害剤) / glucuronide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lachnospira eligens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Simpson, J.B. / Redinbo, M.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Diverse Human Therapeutics Impact Hormone and Neurotransmitter Homeostasis by Inhibiting Gut Microbial Enzymes 著者: Simpson, J.B. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gen.cif.gz | 134.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8gen.ent.gz | 100.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gen.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/8gen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/8gen | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69835.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lachnospira eligens (バクテリア) 遺伝子: uidA, ERS852490_00568, ERS852492_02599 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174ZZA3, beta-glucuronidase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-I9G / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.07 M BICINE, pH 9.0, 1.4 % (w/v) 1,4-Dioxane, 7 % (w/v) PEG 20,000, and 30 % (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→48.5 Å / Num. obs: 25959 / % possible obs: 93.48 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 86.82 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1547 / Rpim(I) all: 0.05804 / Rrim(I) all: 0.1659 / Net I/σ(I): 10.83 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.874 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.361 / CC star: 0.728 / Rpim(I) all: 0.7169 / Rrim(I) all: 2.014 / % possible all: 90.81 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.94→48.5 Å / SU ML: 0.5334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2518 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→48.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|