PDB-8gbv: Crystal structure of PC39-17A, an anti-HIV broadly neutralizing a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gbv

タイトル

Crystal structure of PC39-17A, an anti-HIV broadly neutralizing antibody

要素

PC39-17A Fab heavy chain
PC39-17A Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / V3 Glycan

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Murrell, S. / Omorodion, O. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Antigen pressure from two founder viruses induces multiple insertions at a single antibody position to generate broadly neutralizing HIV antibodies.
著者: Joyce, C. / Murrell, S. / Murrell, B. / Omorodion, O. / Ver, L.S. / Carrico, N. / Bastidas, R. / Nedellec, R. / Bick, M. / Woehl, J. / Zhao, F. / Burns, A. / Barman, S. / Appel, M. / Ramos, A. ...

履歴

登録	2023年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gbv.cif.gz	419.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gbv.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gbwC 8gbxC 8gbyC 8gbzC 8gc0C 8gc1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

H: PC39-17A Fab heavy chain

L: PC39-17A Fab light chain

A: PC39-17A Fab heavy chain

B: PC39-17A Fab light chain

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: PC39-17A Fab heavy chain

L: PC39-17A Fab light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: PC39-17A Fab heavy chain

B: PC39-17A Fab light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.519, 48.969, 113.878
Angle α, β, γ (deg.)	93.073, 98.259, 102.488
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 2 or resid 4...
d_2	ens_1	(chain "H" and (resid 1 through 2 or resid 4...
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 0 through 6 or resid 8...
d_2	ens_2	(chain "L" and (resid 0 through 6 or resid 8...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	C	1 - 2	1 - 2
d_1	2	ens_1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	C	4	4
d_1	3	ens_1	GLN	GLN	ARG	ARG	A	C	6 - 31	6 - 40
d_1	4	ens_1	ASP	ASP	THR	THR	A	C	31 - 131	42 - 157
d_1	5	ens_1	ALA	ALA	VAL	VAL	A	C	136 - 142	162 - 168
d_1	6	ens_1	ASP	ASP	ILE	ILE	A	C	144 - 195	170 - 221
d_1	7	ens_1	ASN	ASN	LYS	LYS	A	C	197 - 214	223 - 240
d_2	1	ens_1	GLN	GLN	VAL	VAL	H	A	1 - 2	1 - 2
d_2	2	ens_1	LEU	LEU	LEU	LEU	H	A	4	4
d_2	3	ens_1	GLN	GLN	ARG	ARG	H	A	6 - 31	6 - 40
d_2	4	ens_1	ASP	ASP	VAL	VAL	H	A	31 - 142	42 - 168
d_2	5	ens_1	ASP	ASP	ILE	ILE	H	A	144 - 195	170 - 221
d_2	6	ens_1	ASN	ASN	LYS	LYS	H	A	197 - 214	223 - 240
d_1	1	ens_2	HIS	HIS	GLN	GLN	B	D	0 - 6	1 - 7
d_1	2	ens_2	PRO	PRO	GLU	GLU	B	D	8 - 17	9 - 18
d_1	3	ens_2	ALA	ALA	SER	SER	B	D	19 - 27	20 - 29
d_1	4	ens_2	SER	SER	TYR	TYR	B	D	29 - 52	31 - 54
d_1	5	ens_2	ARG	ARG	LEU	LEU	B	D	54 - 78	56 - 80
d_1	6	ens_2	PRO	PRO	PRO	PRO	B	D	80 - 113	82 - 116
d_1	7	ens_2	VAL	VAL	LYS	LYS	B	D	115 - 126	118 - 129
d_1	8	ens_2	GLY	GLY	TYR	TYR	B	D	128 - 173	131 - 176
d_1	9	ens_2	LEU	LEU	GLU	GLU	B	D	175 - 213	178 - 216
d_2	1	ens_2	HIS	HIS	GLN	GLN	L	B	0 - 6	1 - 7
d_2	2	ens_2	PRO	PRO	GLU	GLU	L	B	8 - 17	9 - 18
d_2	3	ens_2	ALA	ALA	SER	SER	L	B	19 - 27	20 - 29
d_2	4	ens_2	SER	SER	TYR	TYR	L	B	29 - 52	31 - 54
d_2	5	ens_2	ARG	ARG	LEU	LEU	L	B	54 - 78	56 - 80
d_2	6	ens_2	PRO	PRO	PRO	PRO	L	B	80 - 113	82 - 116
d_2	7	ens_2	VAL	VAL	LYS	LYS	L	B	115 - 126	118 - 129
d_2	8	ens_2	GLY	GLY	TYR	TYR	L	B	128 - 173	131 - 176
d_2	9	ens_2	LEU	LEU	GLU	GLU	L	B	175 - 213	178 - 216

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999990562048, -0.00385052868885, -0.00201227312434), (-0.00423676181886, 0.761693366872, 0.647923810886), (-0.000962114130862, 0.647926221334, -0.761702491819)	33.9063437316, 47.9869126856, -131.041005545
2	given	(-0.999987201364, 0.00481809910251, 0.00154370638478), (0.00465947307979, 0.758142376621, 0.652072408619), (0.00197140025938, 0.65207125584, -0.758155123235)	34.2484320857, 48.3517047927, -130.753637849

#1: 抗体	PC39-17A Fab heavy chain 分子量: 26194.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PC39-17A Fab light chain 分子量: 23839.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The N-terminal residue (H) originates from the signal peptide 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole (pH 8), 10% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 53284 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.88 Å² / CC_1/2: 0.76 / R_pim(I) all: 0.13 / R_sym value: 0.24 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2603 / CC_1/2: 0.38 / R_pim(I) all: 0.88 / R_sym value: 1.58 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→47.63 Å / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.2737
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	2580	4.84 %
R_work	0.1928	50680	-
obs	0.1946	53260	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6949	0	72	565	7586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	7317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6526	9949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0456	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7908	2659

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	H	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.534743973787
ens_2	d_2	L	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.368693453273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.12	0.3568	146	0.2928	2516	X-RAY DIFFRACTION	88.23
2.12-2.16	0.34	138	0.2922	2792	X-RAY DIFFRACTION	96.96
2.16-2.21	0.3589	142	0.2736	2797	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.21-2.26	0.326	134	0.26	2818	X-RAY DIFFRACTION	97.2
2.26-2.31	0.3096	143	0.2568	2834	X-RAY DIFFRACTION	97.32
2.32-2.38	0.291	132	0.2494	2800	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.38-2.45	0.2969	135	0.2342	2848	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.45-2.53	0.2748	124	0.2315	2844	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.53-2.62	0.2663	164	0.2271	2779	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.62-2.72	0.3005	157	0.2174	2868	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.72-2.85	0.2359	155	0.2169	2785	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.85-3	0.2607	145	0.205	2839	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3-3.18	0.2399	160	0.1909	2808	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.18-3.43	0.2057	137	0.1806	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.43-3.77	0.1866	158	0.1522	2849	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.77-4.32	0.1683	135	0.1398	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.24
4.32-5.44	0.1285	136	0.1275	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.12
5.44-47.63	0.1833	139	0.1591	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.01762103734	-0.555338289806	-0.235073357235	2.29290316506	0.240148512296	1.8719504215	0.0559173697382	-0.376086420656	0.344740222774	0.598932262784	-0.0652491983624	0.253222362259	0.176125018481	0.190830595885	0.00634332541084	0.256370650341	-0.00893886533369	0.0583056117464	0.138293273757	-0.0932804049592	0.319339468753	31.8181842594	-3.461460123	-45.4815565452
2	1.31939371335	0.244777874636	-0.643851328932	1.33675235307	0.284583578302	1.40066131584	0.0127429918751	0.0273443672225	0.327929808606	0.10053424856	0.0153570632532	0.0569903530903	-0.0378220414676	0.0875748406161	-0.024803680415	0.155934715651	0.0314247278708	-0.00729578241147	0.0504615778171	-0.00985319460915	0.250511254819	36.0207878525	-4.07868772301	-58.2985043139
3	2.38108728384	-0.57883390675	-0.0918071459266	4.81761898302	-0.42833217674	2.65312306716	0.0262190649977	-0.599990455456	-0.0871309570886	0.129120468775	0.14521346722	-0.243418697059	0.027845476542	0.0913484470601	-0.192175786792	0.148556111246	0.0227643023034	-0.0252772482212	0.293102490438	-0.0126827262006	0.191111600415	13.6479702882	-18.8775137311	-35.3834700968
4	2.58601915737	0.906967673764	-0.256446007566	5.17426143251	0.414801933868	3.54417390765	0.10291915202	-1.15369485441	-0.593195172568	0.681278664636	0.109300535816	-0.225192635291	0.258406971221	0.0606554855903	-0.210147974231	0.255941165968	0.0819561919927	-0.0514827508155	0.484598454591	0.114031163516	0.345007961593	14.57022879	-25.709251702	-29.5848096985
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7	7	chain 'L' and (resid 49 through 90 )	L	B	49 - 90	51 - 92
8	8	chain 'L' and (resid 91 through 128 )	L	B	91 - 128	93 - 131
9	9	chain 'L' and (resid 129 through 174 )	L	B	129 - 174	132 - 177
10	10	chain 'L' and (resid 175 through 213 )	L	B	175 - 213	178 - 216
11	11	chain 'A' and (resid 1 through 17 )	A	C	1 - 17	1 - 17
12	12	chain 'A' and (resid 18 through 51 )	A	C	18 - 51	18 - 62
13	13	chain 'A' and (resid 52 through 66 )	A	C	52 - 66	63 - 77
14	14	chain 'A' and (resid 67 through 87 )	A	C	67 - 87	78 - 101
15	15	chain 'A' and (resid 88 through 119 )	A	C	88 - 119	102 - 145
16	16	chain 'A' and (resid 120 through 134 )	A	C	120 - 134	146 - 158
17	17	chain 'A' and (resid 135 through 203 )	A	C	135 - 203	159 - 227
18	18	chain 'A' and (resid 204 through 215 )	A	C	204 - 215	228 - 239
19	19	chain 'B' and (resid 0 through 18 )	B	D	0 - 18	1 - 19
20	20	chain 'B' and (resid 19 through 48 )	B	D	19 - 48	20 - 50
21	21	chain 'B' and (resid 49 through 75 )	B	D	49 - 75	51 - 77
22	22	chain 'B' and (resid 76 through 90 )	B	D	76 - 90	78 - 92
23	23	chain 'B' and (resid 91 through 113 )	B	D	91 - 113	93 - 116
24	24	chain 'B' and (resid 114 through 163 )	B	D	114 - 163	117 - 166
25	25	chain 'B' and (resid 164 through 213 )	B	D	164 - 213	167 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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