PDB-8gbl: Structure of Apo Human SIRT5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gbl

タイトル

Structure of Apo Human SIRT5

要素

NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Deacetylase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Petrunak, E.M. / Stuckey, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2024
タイトル: Human SIRT5 variants with reduced stability and activity do not cause neuropathology in mice.
著者: Yuan, T. / Kumar, S. / Skinner, M.E. / Victor-Joseph, R. / Abuaita, M. / Keijer, J. / Zhang, J. / Kunkel, T.J. / Liu, Y. / Petrunak, E.M. / Saunders, T.L. / Lieberman, A.P. / Stuckey, J.A. / ...

履歴

登録	2023年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gbl.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gbl.ent.gz	164.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/8gbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

B: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.624, 112.528, 56.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial / Regulatory protein SIR2 homolog 5 / SIR2-like protein 5 分子量: 29542.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5, SIR2L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NXA8, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES 6.5, 25% PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→41.62 Å / Num. obs: 23939 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.756 / Num. unique obs: 1890

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
BUSTER	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.24→41.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU R Cruickshank DPI: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.318 / SU R_free Blow DPI: 0.227 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.234

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1143	4.77 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.217	23941	96.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	-0.7803 Å²
2-	-	1.7168 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3269 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.24→41.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3791	0	2	116	3909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3886	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	5286	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1256	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		665	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3886	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.85
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.99
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		505	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4401	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.27 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3204	-	2.92 %
R_work	0.2163	465	-
all	0.2194	479	-
obs	-	-	64.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0006	-0.6995	0.5842	5.083	-0.7345	4.3571	-0.0036	0.6702	-0.3909	-0.6813	0.3663	0.5357	0.2202	-0.4142	-0.3627	-0.1088	-0.0838	-0.0309	0.0789	0.081	-0.2598	0.895	0.743	-1.017
2	4.0534	0.8579	1.4109	5.4676	-0.7552	5.6918	-0.2252	0.663	-0.6121	-0.5253	0.3565	-0.6666	-0.1656	0.6118	-0.1313	-0.0714	-0.1188	0.1345	-0.0161	-0.1211	0.0534	23.023	0.445	20.579
3	1.903	0.1615	1.0748	1.7035	-0.1812	3.4397	0.008	-0.0695	0.0044	-0.079	0.1038	-0.08	-0.3964	-0.2259	-0.1119	-0.0464	0.0196	0.0652	-0.0681	-0.001	-0.0915	9.928	3.508	20.666
4	9.1553	3.2338	-1.9678	5.4097	-4.9461	5.1399	-0.0209	-0.0283	-0.5694	-0.5375	0.1854	0.6781	0.7393	-0.2284	-0.1645	-0.0295	0.0116	0.0272	-0.0294	-0.0604	-0.0554	1.446	-8.8	8.335
5	1.0854	0.4066	-0.6827	8.2517	2.1458	9.6621	0.0451	0.26	-0.2523	-0.3618	0.1278	-0.2454	0.6928	-0.5516	-0.173	-0.0013	-0.0133	-0.0319	0.0442	0.0648	-0.2298	4.025	-2.494	-3.891
6	0.001	0.6581	-0.991	6.7074	0.9824	7.4742	-0.1332	0.7097	0.3063	-0.6239	0.2721	0.0188	-0.2622	-0.3872	-0.1388	0.003	-0.0753	-0.099	0.0161	-0.0431	-0.2044	15.874	-29.735	8.395
7	2.8861	0.6854	-2.1236	2.139	-0.0682	5.1538	-0.1663	0.2055	0.0621	-0.2051	0.0943	0.1808	0.474	-0.3174	0.072	-0.1404	-0.0385	-0.1303	-0.16	-0.0197	-0.1374	8.578	-32.844	25.688
8	4.5536	2.4022	-2.177	5.6088	0.0209	2.0442	0.0403	0.0404	0.4578	-0.1146	0.206	0.6453	0.3863	-0.5498	-0.2463	-0.1436	-0.0149	-0.0486	0.0511	-0.025	-0.0056	1.858	-29.673	37.823
9	3.0603	2.6128	1.2919	7.6493	4.972	6.6769	-0.0176	0.1464	0.3146	-0.3785	0.1198	-0.5122	-0.7707	0.3512	-0.1022	-0.0391	-0.0157	-0.0638	-0.0788	0.0161	-0.0246	21.011	-21.149	17.435
10	0.7375	0.467	-0.484	9.0138	0.8556	7.1744	0.013	0.5456	0.3571	-0.7003	0.0141	0.2952	-0.9775	-0.0463	-0.0271	0.1276	-0.0465	-0.0583	-0.0967	0.0015	-0.2287	16.683	-25.343	5.061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|38 - A\|67 }	A	38 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|68 - A\|112 }	A	68 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|113 - A\|227 }	A	113 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|228 - A\|262 }	A	228 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|263 - A\|302 }	A	263 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|38 - B\|75 }	B	38 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|76 - B\|190 }	B	76 - 190
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|191 - B\|225 }	B	191 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|226 - B\|252 }	B	226 - 252
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|257 - B\|302 }	B	257 - 302

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