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- PDB-8gbk: Dri1 hemoprotein variant H79A-R90A with a zinc-mirror heme site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gbk
タイトルDri1 hemoprotein variant H79A-R90A with a zinc-mirror heme site
要素Ssr1698 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / heme / DRI domain
機能・相同性Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / HEME B/C / Ssr1698 protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yee, E.F. / Blaby-Haas, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A hemoprotein with a zinc-mirror heme site ties heme availability to carbon metabolism in cyanobacteria.
著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. ...著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. / Sarangi, R. / van Dam, H. / Yang, L. / Blaby, I.K. / Blaby-Haas, C.E.
履歴
登録2023年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Ssr1698 protein
H: Ssr1698 protein
B: Ssr1698 protein
E: Ssr1698 protein
A: Ssr1698 protein
C: Ssr1698 protein
D: Ssr1698 protein
F: Ssr1698 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,70212
ポリマ－89,2288
非ポリマー2,4744
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS experiments confirm the protein is dimeric when bound to heme
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Ssr1698 protein
B: Ssr1698 protein
E: Ssr1698 protein
A: Ssr1698 protein
C: Ssr1698 protein
D: Ssr1698 protein
F: Ssr1698 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,54911
ポリマ－78,0757
非ポリマー2,4744
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: Ssr1698 protein
B: Ssr1698 protein
E: Ssr1698 protein
A: Ssr1698 protein
C: Ssr1698 protein
D: Ssr1698 protein
F: Ssr1698 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,54911
ポリマ－78,0757
非ポリマー2,4744
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Ssr1698 protein
B: Ssr1698 protein
E: Ssr1698 protein
A: Ssr1698 protein
C: Ssr1698 protein
D: Ssr1698 protein
F: Ssr1698 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,54911
ポリマ－78,0757
非ポリマー2,4744
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.815, 91.815, 144.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 3 through 94)
d_2ens_1(chain "B" and resid 3 through 94)
d_3ens_1(chain "C" and resid 3 through 94)
d_4ens_1(chain "D" and resid 3 through 94)
d_5ens_1(chain "E" and resid 3 through 94)
d_6ens_1(chain "F" and resid 3 through 94)
d_7ens_1(chain "G" and resid 3 through 94)
d_8ens_1(chain "H" and resid 3 through 94)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 3 - 94 / Label seq-ID: 3 - 94

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AE
d_2BC
d_3CF
d_4DG
d_5ED
d_6FH
d_7GA
d_8HB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99693687864, 0.0756615441926, -0.0198038061659), (0.0759749825435, -0.996987940266, 0.0155836129254), (-0.0185650757007, -0.0170404722555, -0.999682429709)1.72023095954, 0.0257098708211, 51.7513792793
2given(-0.122734144524, 0.990243504775, -0.0659858395366), (0.991245352424, 0.119054400137, -0.0570850339856), (-0.0486721795805, -0.0724144395778, -0.996186311829)0.666735747047, 3.95729885463, 71.9850848022
3given(-0.999831784133, 0.00584827860193, 0.0173839315401), (0.00644877405442, 0.999377307226, 0.0346902164109), (-0.0171702286412, 0.0347964860127, -0.999246910333)-46.3240331197, 45.017032517, 24.0262333515
4given(-0.0409268291588, 0.998369520096, -0.0397906521349), (-0.999065788375, -0.0403373544534, 0.0155063965641), (0.013876064057, 0.0403881068882, 0.999087711699)0.701605380108, -1.46930964835, -20.8179493857
5given(0.116035351257, -0.989986723939, 0.0803870865474), (0.992398698855, 0.112215666215, -0.0505219434151), (0.0409953627766, 0.0856383715448, 0.995482520967)-47.0164566785, 49.4844157899, -48.142984524
6given(-0.998228568552, -0.0528052895292, 0.0274103324298), (-0.0536029260572, 0.998134437001, -0.0292296423399), (-0.0258157170013, -0.0306471380547, -0.9991968283)-48.1262637176, 46.1328404812, 80.4793245122
7given(0.0652345513799, -0.99765612863, 0.0206567740268), (0.997710700885, 0.0648403363373, -0.0192116663153), (0.0178272444651, 0.0218627489257, 0.99960202559)-46.1727460066, 47.2499143143, 7.93983903576

-
要素

#1: タンパク質
Ssr1698 protein


分子量: 11153.530 Da / 分子数: 8 / 変異: H79A,R90A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ssr1698 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73129
#2: 化合物
ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M sodium chloride, 0.75-1.5 M ammonium sulfate
PH範囲: 4.6 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月23日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.94 Å / Num. obs: 26403 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2612 / CC1/2: 0.689 / CC star: 0.823 / Rpim(I) all: 0.57 / Rrim(I) all: 1.13 / % possible all: 48.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5data processing
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSJan 10, 2022データ削減
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.94 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.18 / 位相誤差: 38.5422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3257 1978 7.57 %
Rwork0.3109 24164 -
obs0.3097 26142 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5748 0 172 0 5920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00896014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23028186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.96382221
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.46833371481
ens_1d_3EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.66628302033
ens_1d_4EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.92176397125
ens_1d_5EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.762132816182
ens_1d_6EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25438709843
ens_1d_7EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.25646364434
ens_1d_8EAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.01065489669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.3681430.361722X-RAY DIFFRACTION92.09
2.97-3.050.35241380.34921754X-RAY DIFFRACTION91.98
3.05-3.140.3851360.35361711X-RAY DIFFRACTION92.14
3.14-3.240.37121470.35211747X-RAY DIFFRACTION92.09
3.24-3.360.35931380.34441721X-RAY DIFFRACTION92.03
3.36-3.490.31111440.35221741X-RAY DIFFRACTION91.82
3.49-3.650.33731460.3231733X-RAY DIFFRACTION91.26
3.65-3.840.37231400.32441723X-RAY DIFFRACTION91.84
3.85-4.090.32231350.30291727X-RAY DIFFRACTION91.91
4.09-4.40.28531420.26711760X-RAY DIFFRACTION91.91
4.4-4.840.2921460.26411729X-RAY DIFFRACTION91.34
4.84-5.540.26781400.27561737X-RAY DIFFRACTION91.61
5.54-6.960.35531410.32831741X-RAY DIFFRACTION91.82
6.96-29.940.30741370.30051623X-RAY DIFFRACTION84.05
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.2768715797 Å / Origin y: 15.5767452014 Å / Origin z: 14.348531701 Å
111213212223313233
T0.506322985179 Å20.0607772729898 Å20.0109436152253 Å2-0.563568057438 Å20.0323143204948 Å2--0.455458245658 Å2
L0.178433243407 °20.0320919518054 °2-0.214934146041 °2-0.132802513051 °20.0616585209296 °2--0.799191707735 °2
S0.120648435443 Å °0.0798954662615 Å °-0.00779281325749 Å °-0.0619198136032 Å °0.0849075603188 Å °0.0530010689296 Å °-0.0941583280787 Å °-0.20957264792 Å °-0.204585160878 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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