PDB-8gad: Crystal structure of a high affinity PD-L1 binder

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gad

タイトル

Crystal structure of a high affinity PD-L1 binder

要素

PD-L1 binder

キーワード

PROTEIN BINDING / De novo protein design / high affinity binder / PD-L1

機能・相同性

INDOLE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Yang, W. / Almo, S.C. / Baker, D. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Design of High Affinity Binders to Convex Protein Target Sites.
著者: Yang, W. / Hicks, D.R. / Ghosh, A. / Schwartze, T.A. / Conventry, B. / Goreshnik, I. / Allen, A. / Halabiya, S.F. / Kim, C.J. / Hinck, C.S. / Lee, D.S. / Bera, A.K. / Li, Z. / Wang, Y. / ...

履歴

登録	2023年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gad.cif.gz	96.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gad.ent.gz	74.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gad_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gad_full_validation.pdf.gz	427 KB	表示
XML形式データ	8gad_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	8gad_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/8gad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gabC 8gacC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PD-L1 binder

B: PD-L1 binder

ヘテロ分子

23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.242, 67.242, 101.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-340- HOH

#1: タンパク質	PD-L1 binder 分子量: 11706.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル分子量: 117.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.18 % / 解説: Hexagonal rods
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22.5% (w/v) PEG 3350, 0.08 M Bis-Tris and 2% (v/v) Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→19.62 Å / Num. obs: 19563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 27.9 / Num. measured all: 282139
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.794 / Num. measured all: 17768 / Num. unique obs: 1218 / CC_1/2: 0.871 / R_pim(I) all: 0.212 / R_rim(I) all: 0.823 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→19.62 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	984	5.04 %
R_work	0.1884	-	-
obs	0.1896	19507	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→19.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1632	0	9	103	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.185	235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	287

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.98	0.2886	146	0.2442	2573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.11	0.2563	139	0.2148	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.27	0.2819	140	0.1977	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.5	0.2308	142	0.1987	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.86	0.2268	119	0.2084	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.6	0.2355	146	0.1949	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-19.62	0.1702	152	0.1681	2824	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4927	2.6943	0.0567	5.2652	-0.001	3.1563	-0.0399	-0.3058	-0.1032	-0.1022	0.1647	-0.1416	-0.0306	0.0703	-0.1762	0.2838	-0.0227	-0.0245	0.283	-0.052	0.204	-21.3672	-4.8392	2.2876
2	6.8199	0.8377	-1.1084	2.8563	0.3198	4.1657	0.0641	-0.118	-0.0107	-0.1447	-0.033	-0.3435	0.1995	0.2761	-0.0661	0.2625	-0.0178	-0.0391	0.2127	0.0097	0.3018	-28.6395	-7.9859	-2.6006
3	5.4538	3.7603	-5.6126	6.1908	-3.7008	7.8275	-0.4313	-0.4664	-1.8239	-0.2513	-0.1836	-0.29	0.8204	0.1827	0.5	0.3876	0.0387	-0.0278	0.3028	0.0829	0.4331	-32.9071	-17.9943	-0.721
4	7.7882	0.8731	-5.8035	2.6529	-1.4382	9.3166	-0.4464	0.297	-0.5238	-0.2437	0.062	-0.0568	0.7067	-0.1046	0.3181	0.3202	-0.009	-0.0213	0.2744	-0.0031	0.3497	-38.6607	-12.5223	-6.7918
5	7.9948	1.8282	0.784	7.889	0.9432	8.9467	-0.0148	-0.2852	-0.009	0.5531	-0.1926	-0.1353	0.9944	-0.0856	0.1894	0.2314	-0.0285	0.0625	0.3424	0.0133	0.2904	-58.5249	-12.7585	-1.6133
6	7.5137	4.2088	1.5255	4.0033	-0.1508	2.3004	-0.0866	0.047	0.6511	-0.0801	0.0837	0.5148	-0.1044	-0.3157	0.0143	0.2705	0.0148	0.01	0.2568	0.0459	0.2956	-55.0288	-3.7991	-3.3891
7	5.5294	5.102	4.2815	6.4993	4.3432	3.5232	-0.6162	0.7354	1.4448	-0.749	0.3959	0.7792	-0.9273	0.2511	0.2179	0.394	0.0552	0.0073	0.3621	0.0928	0.3904	-46.4209	4.608	-6.3455
8	7.2409	3.1925	1.3919	7.2966	1.8878	9.0819	-0.4792	0.7771	0.2688	-0.8612	0.3928	0.1011	-0.4815	0.0937	-0.095	0.297	-0.0156	0.0511	0.2929	0.0284	0.3021	-39.8702	-2.5119	-8.3333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 104 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 63 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 64 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 104 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)