[日本語] English
万見
- PDB-8gac: Crystal structure of a high affinity CTLA-4 binder -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gac
タイトルCrystal structure of a high affinity CTLA-4 binder
要素CTLA-4 binder
キーワードPROTEIN BINDING / De novo protein design / high affinity binder / CTLA-4
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yang, W. / Almo, S.C. / Baker, D. / Ghosh, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD020068 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Design of High Affinity Binders to Convex Protein Target Sites.
著者: Yang, W. / Hicks, D.R. / Ghosh, A. / Schwartze, T.A. / Conventry, B. / Goreshnik, I. / Allen, A. / Halabiya, S.F. / Kim, C.J. / Hinck, C.S. / Lee, D.S. / Bera, A.K. / Li, Z. / Wang, Y. / ...著者: Yang, W. / Hicks, D.R. / Ghosh, A. / Schwartze, T.A. / Conventry, B. / Goreshnik, I. / Allen, A. / Halabiya, S.F. / Kim, C.J. / Hinck, C.S. / Lee, D.S. / Bera, A.K. / Li, Z. / Wang, Y. / Schlichthaerle, T. / Cao, L. / Huang, B. / Garrett, S. / Gerben, S.R. / Rettie, S. / Heine, P. / Murray, A. / Edman, N. / Carter, L. / Stewart, L. / Almo, S. / Hinck, A.P. / Baker, D.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CTLA-4 binder
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6992
ポリマ－12,6361
非ポリマー621
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.865, 52.037, 53.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CTLA-4 binder


分子量: 12636.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30 % (w/v) PEG 3350, 0.22 M MgCl2 and 0.0.8 M Bis-Tris pH 5.5 and 0.15 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日 / 詳細: KB MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.85 Å / Num. obs: 9931 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 26.37 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Num. unique obs: 1170 / CC1/2: 0.43 / CC star: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→19.85 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 430 5.03 %
Rwork0.1914 --
obs-9929 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 0 63 931

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る