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- PDB-8g9a: Crystal structure of a resurrected ancestor (AncRNase) of the pan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g9a
タイトルCrystal structure of a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
要素a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
キーワードHYDROLASE / Ancestral sequence reconstruction / ASR / eosinophil-derived neurotoxin / EDN / RNase 2 / eosinophil cationic protein / ECP / RNase 3 / ribonuclease / transphosphorylase
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Tran, T.T.Q. / Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.
資金援助 カナダ, 5件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN202204368 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN201706091 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)CREATE511956 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)251848 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)281993 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Ancestral sequence reconstruction dissects structural and functional differences among eosinophil ribonucleases.
著者: Tran, T.T.Q. / Narayanan, C. / Loes, A.N. / Click, T.H. / Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Harms, M.J. / Calmettes, C. / Agarwal, P.K. / Doucet, N.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
B: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
C: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
D: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,74744
ポリマ－61,3784
非ポリマー3,36840
水8,071448
1
A: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,38613
ポリマ－15,3451
非ポリマー1,04212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,15711
ポリマ－15,3451
非ポリマー81310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9068
ポリマ－15,3451
非ポリマー5617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,29712
ポリマ－15,3451
非ポリマー95311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.290, 170.290, 170.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-329-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
a resurrected ancestor (AncRNase) of the pancreatic-type RNases 2 and 3 sub-families


分子量: 15344.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: EC: 3.1.27.5
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium acetate:HCL pH 5.5 (cryoprotectant: 20% MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18067 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→45.52 Å / Num. obs: 52818 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 38.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.136.41.8742.848080.8020.3141.9100
2.1-2.1740.71.3564.247690.9030.2151.373100
2.17-2.2639.90.9366.147270.9510.150.94899.4
2.26-2.3639.70.87.347380.9680.1280.8199.5
2.36-2.4839.90.49511.247670.9860.0790.501100
2.48-2.6440.90.3515.548070.9930.0550.354100
2.64-2.8439.70.2252348010.9970.0360.228100
2.84-3.13400.12239.447970.9990.020.124100
3.13-3.58390.07162.5479910.0110.07299.7
3.58-4.5137.10.0537.1483410.0080.05199.6
4.51-45.5235.30.037100.8497110.0060.037100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT4データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→45.51 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 1568 2.97 %
Rwork0.1911 --
obs0.1915 52813 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4292 0 192 448 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4556242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0781664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.10.33491420.25634666X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.170.26661410.23024628X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.260.29641360.27074591X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.360.26771400.23544598X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.480.23351400.21234627X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.640.24551430.23574664X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.840.25721410.21994660X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.130.22361420.21434655X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.580.19541480.18924651X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.18141430.15374691X-RAY DIFFRACTION100
4.52-45.510.16631520.17044814X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6545-0.67870.33050.9672-0.51350.7849-0.0791-0.441-0.21250.35550.05550.2069-0.5213-0.0265-00.50770.04570.05310.39830.04670.397730.782326.0417-43.2597
20.35760.0878-0.29490.4253-0.09470.33610.20140.10390.4372-0.3135-0.0544-0.7381-0.90550.7081-00.5903-0.0760.00610.50290.00250.60640.224914.9245-46.6714
38.1977-1.7651-0.51641.43341.44262.0928-0.08010.99-0.83271.6526-0.18811.64860.4402-0.32340.22320.6051-0.00190.21530.34330.12450.49929.038814.8419-40.9046
40.3624-0.1418-0.05850.2039-0.16090.04020.01270.48870.1792-0.28190.2321.6895-0.055-0.41070.00010.50490.01830.020.39650.01590.606830.240115.3366-52.0976
51.2168-0.697-0.10671.5822-1.08923.328-0.18160.1642-0.0730.07820.12760.178-0.1164-0.295500.3375-0.0194-0.00320.30730.01580.357331.412831.1506-57.779
60.9909-0.9527-0.43631.22460.08680.3957-0.081-0.0628-0.2218-0.0696-0.05320.06620.19130.2141-00.365-0.0088-0.01950.2693-0.0060.380735.069810.5366-51.6671
71.4138-1.83450.79052.5707-1.86072.0074-0.2635-0.123-0.04350.32150.24120.4014-0.62-0.56030.01230.48320.04010.03470.3040.0350.34630.046634.2121-49.8436
81.4390.88250.26150.88180.5870.66620.04810.7444-0.0508-0.2504-0.0208-0.197-0.00720.534300.44790.04280.05530.6271-0.01480.408664.665329.429-78.423
91.72450.51880.12550.3609-0.65481.1650.04520.3278-0.3947-0.0583-0.16940.11660.2419-0.0646-00.42620.0544-0.00680.4227-0.03060.377258.820928.0698-77.039
103.1692-0.3439-0.03170.99610.07751.41590.06530.4336-0.4414-0.1169-0.00970.03190.11960.17870.02310.40220.0269-0.02320.4074-0.07540.385453.234624.5391-75.72
112.0413-0.1068-0.37940.6449-1.0971.42510.0268-0.0998-0.4016-0.1416-0.033-0.10130.16830.239-00.40180.05010.00370.43610.01820.425160.664927.8432-64.0287
120.69410.2195-0.38560.2527-0.29980.1037-0.06340.3538-0.2648-0.09670.27390.050.29970.3254-00.42210.07720.05910.5793-0.01030.447580.051644.1754-71.3612
130.67240.6715-0.06571.2919-0.03070.49570.41620.0334-0.0305-0.3425-0.5208-0.7887-0.4860.5956-0.00040.56980.07670.10170.94380.06050.637191.032649.7302-68.8248
141.48610.72710.05810.76880.13290.25440.01110.18150.0162-0.1474-0.02530.0438-0.04540.22-00.4081-0.0110.0870.48190.04770.375472.201655.5188-72.7002
151.91290.1171-0.75431.4978-0.63721.76140.02130.16080.0331-0.1807-0.2078-0.36090.09270.7065-0.31430.38810.00660.11290.63430.09560.486683.868757.5387-72.8298
161.1821-0.13181.2681.22560.07561.10230.0959-0.0196-0.1642-0.3329-0.05150.18520.14030.14300.46240.01710.05950.4860.01080.383770.47947.2096-73.3124
171.4449-1.56941.02752.09660.14842.2673-0.04440.1681-0.47420.04670.16580.11930.462-0.1848-00.4090.04790.00940.42-0.01880.438176.210425.7528-53.0709
180.07230.10440.02660.7839-1.24233.0359-0.3869-0.5141-0.2783-1.33930.773-0.72631.76920.21870.13210.84540.09390.2710.5718-0.12170.743181.912618.4181-53.6701
191.34050.793-0.9331.54170.95221.5801-0.059-0.01650.03390.23610.0177-0.16510.01370.1757-00.30410.0415-0.01670.40040.01760.349874.445535.6317-44.5884
200.0678-0.0444-0.12580.4969-0.43580.09910.1981-0.14750.077-0.0718-0.0375-0.31120.11540.273300.32460.0311-0.0170.51370.00260.414884.579741.057-40.946
210.93910.9123-0.86411.3507-0.18772.3011-0.0954-0.0715-0.13550.0712-0.027-0.26590.28990.2912-0.01380.29260.09790.02480.36080.03220.37777.147328.9411-46.236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:17)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 18:30)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 31:37)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 38:42)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 43:82)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 83:105)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 106:132)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 0:33)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 34:52)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 53:108)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 109:132)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 0:17)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 18:40)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 41:65)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 66:109)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 110:132)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 0:27)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 28:38)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 39:61)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 62:75)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain D and resid 76:132)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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