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- PDB-7ty1: Crystal structure of apo eosinophil cationic protein (ribonucleas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ty1 | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of apo eosinophil cationic protein (ribonuclease 3) from Macaca fascicularis (MfECP) | |||||||||||||||||||||
![]() | Eosinophil cationic protein | |||||||||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / MfECP / RNase 3 / ribonuclease / crab-eating macaque / long-tailed macaque / cynomolgus monkey / eosinophil cationic protein / ECP. | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() RNA metabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Tran, T.T.Q. / Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Ancestral sequence reconstruction dissects structural and functional differences among eosinophil ribonucleases. Authors: Tran, T.T.Q. / Narayanan, C. / Loes, A.N. / Click, T.H. / Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Harms, M.J. / Calmettes, C. / Agarwal, P.K. / Doucet, N. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 99.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 75.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 466.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8f5xC ![]() 8g9aC ![]() 1qmtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15912.355 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: RNASE3, RNS3 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P47779, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CIT / #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.75 Å3/Da / Density % sol: 29.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 / Details: 0.1M Citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.23985 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→38.02 Å / Num. obs: 10862 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 14.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1QMT Resolution: 1.8→38.01 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 23.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.67 Å2 / Biso mean: 28.9247 Å2 / Biso min: 6.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→38.01 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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