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Yorodumi- PDB-8f5x: Crystal structure of human eosinophil-derived neurotoxin (EDN, ri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f5x | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of human eosinophil-derived neurotoxin (EDN, ribonuclease 2) in complex with 5'-adenosine monophosphate (AMP) | ||||||||||||||||||
Components | Non-secretory ribonuclease | ||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / EDN / RNase 2 / ribonuclease / eosinophil-derived neurotoxin / transphosphorylase / AMP / adenosine monophosphate | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity ...RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Tran, T.T.Q. / Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N. | ||||||||||||||||||
Funding support | Canada, 5items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Ancestral sequence reconstruction dissects structural and functional differences among eosinophil ribonucleases. Authors: Tran, T.T.Q. / Narayanan, C. / Loes, A.N. / Click, T.H. / Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Harms, M.J. / Calmettes, C. / Agarwal, P.K. / Doucet, N. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8f5x.cif.gz | 97.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8f5x.ent.gz | 73.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8f5x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ty1C 8g9aC 1gqvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15611.750 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RNASE2, EDN, RNS2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P10153 | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-AMP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.2M succinic acid, 0.1M Hepes pH 7.0, 1% MME PEG 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 1.5215 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 23, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5215 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→38.41 Å / Num. obs: 13857 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 30.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GQV Resolution: 1.7→38.4 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→38.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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