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- PDB-8g97: Adenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g97
タイトルAdenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithine synthetase (D-Ornithine bound)
要素Dimodular nonribosomal peptide synthase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Adenylation domain (アデニリル化) / NRPS / delta-poly-L-ornithine synthetase / nonribosomal peptide synthetase (非リボソームペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthetase, C-terminal / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Trimeric LpxA-like superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...Non-ribosomal peptide synthetase, C-terminal / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Trimeric LpxA-like superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ORNITHINE / Dimodular nonribosomal peptide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Patel, K.D. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136235 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into delta-poly-L-ornithine polymer biosynthesis from Acinetobacter baumannii.
著者: Patel, K.D. / Gulick, A.M.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimodular nonribosomal peptide synthase
B: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,82212
ポリマ－91,8892
非ポリマー93310
水2,522140
1
A: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5618
ポリマ－45,9441
非ポリマー6177
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dimodular nonribosomal peptide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2614
ポリマ－45,9441
非ポリマー3163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.837, 93.928, 152.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTYRTYR(chain 'A' and (resid 8 through 340 or (resid 341...AA8 - 17110 - 173
12LYSLYSARGARG(chain 'A' and (resid 8 through 340 or (resid 341...AA178 - 410180 - 412
23THRTHRTYRTYR(chain 'B' and (resid 8 through 47 or (resid 48...BB8 - 17110 - 173
24LYSLYSARGARG(chain 'B' and (resid 8 through 47 or (resid 48...BB178 - 410180 - 412

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要素

#1: タンパク質 Dimodular nonribosomal peptide synthase


分子量: 45944.387 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB307-0294 (バクテリア)
遺伝子: dhbF_1, ABBFA_00818 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K6CNB8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ORD / D-ORNITHINE / D-オルニチン / オルニチン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Amm Bromide, 0.1 M BTP pH 7.0, 24% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→93.93 Å / Num. obs: 31440 / % possible obs: 98.26 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0924 / Rpim(I) all: 0.03841 / Net I/σ(I): 15.04
反射 シェル解像度: 2.51→2.65 Å / Num. unique obs: 3069 / CC1/2: 0.506

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Coot0.9.5モデル構築
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8G95

8g95


解像度: 2.51→48.92 Å / SU ML: 0.3367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6413 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1994 6.36 %
Rwork0.1944 29380 -
obs0.1972 31374 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 61 140 6435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60038757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04521005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.35383838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.580.4011380.34562049X-RAY DIFFRACTION96.51
2.58-2.650.35071420.30712064X-RAY DIFFRACTION99.06
2.65-2.720.31231390.29382061X-RAY DIFFRACTION98.65
2.72-2.810.33751400.27852067X-RAY DIFFRACTION98.09
2.81-2.910.36211390.27492049X-RAY DIFFRACTION96.43
2.91-3.030.34911400.26552074X-RAY DIFFRACTION99.15
3.03-3.170.30341430.23172101X-RAY DIFFRACTION99.16
3.17-3.330.29551420.21452102X-RAY DIFFRACTION99.07
3.33-3.540.24611410.20022072X-RAY DIFFRACTION97.02
3.54-3.820.20931430.18612091X-RAY DIFFRACTION99.16
3.82-4.20.20771440.15352124X-RAY DIFFRACTION99.39
4.2-4.810.20381410.14832100X-RAY DIFFRACTION97.14
4.81-6.060.18881480.16812181X-RAY DIFFRACTION99.79
6.06-48.920.20651540.17592245X-RAY DIFFRACTION97.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.928992815110.4302634651081.116513906352.80453530323-0.6850028256196.58306050672-0.4947432973851.334006139720.0213405133951-0.186395001490.540083354538-0.11439440239-0.03719636081950.288201198979-0.05721179086260.48159787865-0.008741677336880.005815166255590.527325725194-0.02523920098490.41205525361315.624112370.653837338651-6.14543703632
22.08205921473-0.8402581082060.9722764818512.69786957308-1.240402995024.84380657041-0.3378368723020.362421150360.3856413320120.165935119122-0.0220104766437-0.359298389562-0.6773836347080.9356568998290.343131358880.518710127311-0.17324495965-0.1178561960980.752512142040.01814340543870.58101446098634.82852126755.179755896677.53028258598
32.988761216191.547729339881.143536673556.581312079820.3835690541158.86237981211-0.117980868449-0.43887171943-0.4476770467650.8043595783060.033360569624-0.3948807408130.474959691273-0.06682425275420.09811714371490.6059500171720.1670364574380.004110296872890.661043674890.100310482730.62904523429934.9100654029-9.4992812713816.1450745131
43.298357942080.03569238663821.031994344641.60457651687-0.4369203971534.30380739703-0.195917374090.03142572125710.07108211672810.1842688428750.0717896074484-0.415956633743-0.03579137230610.6043602987650.1010815409730.449166758525-0.0307813134469-0.02134159466340.496727269518-0.02247923151040.46435604773632.4549353103-2.264768837037.14819068789
52.64123501847-0.9696622189730.1458887068162.509059863220.04753464046536.65626082434-0.324702045102-0.0969799539810.3659430431890.5037246109150.277139429639-0.103593456175-1.14981449334-0.1053337690930.1148084417840.8057575851920.0257524759038-0.1289902072040.4697009485490.02231875128510.57603327746821.021041483412.652112122212.7934103873
61.94857466938-0.822030184014-0.1562968164811.59560292638-0.4355453608215.1289290619-0.656440974727-0.2709896381970.3792631496190.5574794371520.3912354213790.412371995288-1.2464868835-1.215231630750.1854518276060.9347888024730.341565561336-0.07302331630990.6679337714570.004441499100550.6437727297488.8712375386413.535827406616.3932889211
73.57658938896-1.945537998140.4482197743036.278807929850.2354170662485.26565926852-0.318047730854-0.2060985650640.04216471344530.1274652088210.1891418545390.376795126437-0.771349039033-0.749793734870.1146186645840.5971385775820.0820773270494-0.03359629379350.6195378507190.03017121697930.4282813346377.888884356045.381260585878.71228644962
82.83752963811-0.5241313481591.146366500173.2623278159-0.6256437710215.2638297953-0.12989908582-0.22985944766-0.1723469686350.04286377962690.3435835953910.5593072757550.281424985807-1.13007464638-0.1670705151910.399270124092-0.05183410563660.01241281462380.847846935890.1370332772470.5884060308810.0878921964689-6.860274153675.60642881267
94.24453430665-1.53473288790.9426236824662.96933160502-0.4396367245444.50025029435-0.0831854938109-0.334604716213-0.6881047608830.04510408483760.3315485306240.1619875487440.599274431592-0.539401861491-0.2224944417320.615207456473-0.13456249169-0.004339558272610.6608655622690.08126045107570.6615301866918.22282161268-13.2032933834.95562162727
101.59061365437-0.522962433860.6057037580422.348888886950.2416595035034.105332528730.08882296495810.1375465654440.178006517174-0.276993520043-0.29005598554-0.00316266656802-0.423849877719-0.2663129863750.2063473317950.5971394918660.133843747008-0.007085692910160.5890406955870.04985710910080.4476976108658.9507262327113.1159555747-33.2799610584
112.96110337858-0.7956881724250.3971203452292.94600091466-0.08744695108027.52977925969-0.1368661099360.09769863502820.4289544779210.238467081296-0.143663681774-0.199453531018-1.066976722470.4774130959980.2715627855710.692711397501-0.0807621964571-0.01861200871350.5300583406620.04737891932740.63931540394117.876604934120.3704199537-24.1216635379
122.72285630525-0.4578414703020.3395628560041.54378924084-0.7488286218244.344488772030.2724665421460.00288263772637-0.151941861449-0.228394664222-0.1966433765990.03560404734930.630890675115-0.136383524-0.06649115410670.495155761140.0252433106436-0.0481922544680.493996590363-0.02158350893260.41100151440910.3165131077-4.01766933591-28.0541783199
131.822799057810.581963859339-0.05618975391654.93879278958-3.023560474946.77792155071-0.0257299212190.0463616981557-0.183933691326-0.488163199904-0.0356360124887-0.5431060480651.654092570210.9444035249340.07272644427471.103030417930.4585308489260.0161344928450.859915265732-0.02193103212120.59968176568125.5960234619-12.2249660258-34.686429243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 200 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 201 through 254 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 255 through 294 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 295 through 318 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 319 through 352 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 353 through 411 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 8 through 109 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 110 through 180 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 181 through 378 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 379 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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