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- PDB-8g98: Adenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g98 | ||||||
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Title | Adenylation domain structure from NRPS-like Delta-Poly-L-Ornithine synthetase (L-Lysine bound) | ||||||
![]() | Dimodular nonribosomal peptide synthase | ||||||
![]() | LIGASE / Adenylation domain / NRPS / delta-poly-L-ornithine synthetase / nonribosomal peptide synthetase | ||||||
Function / homology | ![]() amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patel, K.D. / Gulick, A.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and functional insights into delta-poly-L-ornithine polymer biosynthesis from Acinetobacter baumannii. Authors: Patel, K.D. / Gulick, A.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 388.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 268.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 689.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 700.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8g95SC ![]() 8g96C ![]() 8g97C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
#1: Protein | Mass: 45944.387 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-413 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: dhbF_1, ABBFA_00818 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-LYS / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.8 % / Description: Long rods |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: microbatch / pH: 7 / Details: 0.1 M Amm Bromide, 0.1 M BTP pH 7.0, 24% PEG 20K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03322 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→58.64 Å / Num. obs: 31880 / % possible obs: 99.53 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 62.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1269 / Rpim(I) all: 0.0368 / Net I/σ(I): 15.54 |
Reflection shell | Resolution: 2.49→2.57 Å / Num. unique obs: 3069 / CC1/2: 0.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8G95 Resolution: 2.49→58.64 Å / SU ML: 0.3638 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.0538 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→58.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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