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万見
- PDB-8g91: LaM domain of human LARP1 in complex with Rp phosphorothioate iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g91
タイトルLaM domain of human LARP1 in complex with Rp phosphorothioate isomer of AAAAA(SRA) RNA
要素
  • Isoform 2 of La-related protein 1
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*(SRA))-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / Isoform 2 of La-related protein 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kozlov, G. / Jiang, J. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2024
タイトル: Enhanced binding of guanylated poly(A) RNA by the LaM domain of LARP1.
著者: Kozlov, G. / Jiang, J. / Rutherford, T. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Gehring, K.
履歴
登録2023年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of La-related protein 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*(SRA))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8453
ポリマ－13,7532
非ポリマー921
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area5450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.781, 53.781, 90.452
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-687-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1


分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*(SRA))-3')


分子量: 1946.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95371 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 41809 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 13.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 42.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3876 / CC1/2: 0.592 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→35.06 Å / SU ML: 0.1507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9635
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 2085 4.99 %
Rwork0.1782 39724 -
obs0.1788 41809 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→35.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数743 75 6 106 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17091168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0806132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5402136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.230.44831090.4012407X-RAY DIFFRACTION90.8
1.23-1.260.35531380.30662573X-RAY DIFFRACTION98.69
1.26-1.290.25131230.22562613X-RAY DIFFRACTION99.17
1.29-1.330.21791460.20012615X-RAY DIFFRACTION99.32
1.33-1.370.18961430.1962611X-RAY DIFFRACTION99.53
1.37-1.420.18731490.1922621X-RAY DIFFRACTION99.64
1.42-1.480.21361470.1972616X-RAY DIFFRACTION99.71
1.48-1.550.18351530.18692626X-RAY DIFFRACTION99.78
1.55-1.630.20981340.16752655X-RAY DIFFRACTION99.93
1.63-1.730.18011510.17222667X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.870.19541490.17672644X-RAY DIFFRACTION99.96
1.87-2.050.15861320.16692700X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.350.15291480.15812705X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.960.19051160.17542772X-RAY DIFFRACTION100
2.96-35.060.18311470.16552899X-RAY DIFFRACTION99.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.247033323632-0.198404344074-0.1740291793710.1963780965160.03830096607630.266976363244-0.0641790358487-0.00863693386779-0.0710973228157-0.03840075637330.07224549156050.1742969416580.25404184031-0.184663708292-0.003384458161790.160978985849-0.0538213564911-0.01069748265280.1097755096610.01761497813030.15203934515-23.388391135-11.9418610405-12.6842167698
20.1476414640590.023419651375-0.06312299648190.0457192248885-0.02382092166390.07887486801050.047915595731-0.0806493561929-0.03093442734280.110899943066-0.0207379487814-0.0835470178652-0.07494306830960.2215700290430.00353032016330.116045842293-0.0243393669769-0.007268899737930.1253147498190.006189223357340.104464500545-14.20950703881.65501848563-6.68954990874
30.0440072085341-0.0316524908429-0.1360054942650.710547880512-0.6777926943061.204690648950.04385810429170.009187690933310.0195780616907-0.203140757982-0.005317513798660.05817611565850.1049389155510.0651781134670.003805571308460.144449174345-0.00471734032345-0.02026899036870.0990260359874-1.95939636864E-50.115813597932-16.130793273-4.11190835384-19.3261968126
40.155639859986-0.1738985115980.3995539322430.479300467847-0.1440164442180.9262599428680.04770484294670.0495678799350.078263768231-0.0878139650437-0.0001933506352610.131278755167-0.258955880638-0.09787213758240.003546454918290.12969521417-0.00920717347591-0.001509495888420.1077605366370.008375447691850.115610011878-21.85819664394.45163169809-15.8184737887
50.036427519096-0.02804986275850.01907186480420.0620325148404-0.03831960978540.0142375479440.03189023017340.08981366972830.1090685314730.0893421713702-0.0212025392002-0.4145817713460.07149874121430.567479903676-0.0004428965991530.2649600170940.0508608392437-0.03934419979460.2386904152220.01343498457450.238402146654-7.86127198053-8.57178935623-10.4044762167
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 322 through 337 )AA322 - 3371 - 16
22chain 'A' and (resid 338 through 345 )AA338 - 34517 - 24
33chain 'A' and (resid 346 through 384 )AA346 - 38425 - 63
44chain 'A' and (resid 385 through 410 )AA385 - 41064 - 89
55chain 'B' and (resid -4 through -2 )BB-4 - -2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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