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万見
- PDB-8g7x: Human fatty acid synthase dehydratase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g7x
タイトルHuman fatty acid synthase dehydratase domain
要素3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
キーワードLYASE / Human / fatty acid synthase / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / host-mediated perturbation of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / acetyl-CoA metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / mammary gland development / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / osteoblast differentiation / fatty acid biosynthetic process / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : ...Polyketide synthase dehydratase / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / THIOCYANATE ION / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.815 Å
データ登録者Akey, D.L. / Konwerski, J.R. / McCullough, T.M. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK042303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-GM138396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118101 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure of a modular polyketide synthase reducing region.
著者: McCullough, T.M. / Dhar, A. / Akey, D.L. / Konwerski, J.R. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,79012
ポリマ－55,1682
非ポリマー62210
水6,539363
1
A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0318
ポリマ－27,5841
非ポリマー4477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7594
ポリマ－27,5841
非ポリマー1753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.407, 70.409, 78.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / Type I fatty acid synthase


分子量: 27584.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASN, FAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P49327, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate / PH範囲: 6.9-7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40862 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8460 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.15.2-3472精密化
REFMAC5精密化
MOLREP位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.815→37.855 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 2072 5.08 %
Rwork0.1679 --
obs0.1698 40777 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.815→37.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 33 363 4116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9285339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5082298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8153-1.85750.25331010.22921824X-RAY DIFFRACTION69
1.8575-1.9040.28761150.20472287X-RAY DIFFRACTION86
1.904-1.95550.23721370.18272533X-RAY DIFFRACTION95
1.9555-2.0130.22861540.17422656X-RAY DIFFRACTION100
2.013-2.0780.20061450.16482646X-RAY DIFFRACTION100
2.078-2.15230.2211470.1622643X-RAY DIFFRACTION100
2.1523-2.23840.2211380.16652657X-RAY DIFFRACTION100
2.2384-2.34030.2291380.16622687X-RAY DIFFRACTION100
2.3403-2.46360.20991400.16572670X-RAY DIFFRACTION100
2.4636-2.6180.22431490.17832649X-RAY DIFFRACTION100
2.618-2.820.23091360.18352668X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10370.21611390.17032674X-RAY DIFFRACTION100
3.1037-3.55250.19291330.17062693X-RAY DIFFRACTION100
3.5525-4.47470.17791400.14592694X-RAY DIFFRACTION100
4.4747-37.8550.17371600.16572724X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0742-0.2614-0.09020.89930.16861.24630.0201-0.0791-0.00460.0069-0.0093-0.0575-0.05760.1059-0.00240.1118-0.0041-0.01480.1095-0.00780.11295.7402-17.222629.9254
20.1635-0.2688-0.07341.3568-0.10511.80550.048-0.25-0.06990.12260.0198-0.00270.02430.0886-0.06180.124-0.0008-0.00930.10290.01030.11944.7302-19.873337.82
32.26940.6384-0.19651.4436-0.05031.6088-0.09070.08420.3468-0.10630.04210.1373-0.2990.04130.03180.18560.0025-0.02080.11440.02310.1703-3.439-2.03622.6499
41.88240.23040.11240.838-0.1750.6909-0.00150.03190.2559-0.05990.00570.0415-0.2155-0.03270.04150.11520.02450.01480.0574-0.00650.1318-6.3608-5.690428.4496
51.2920.2193-0.0160.87250.02551.50240.04050.1556-0.0448-0.04670.0087-0.06420.11610.0744-0.04420.13980.0073-0.00160.1406-0.01130.14388.5189-31.238514.5613
61.94660.1766-0.06341.48610.221.51060.11020.18670.1574-0.1749-0.0339-0.16830.01240.0236-0.09740.16040.02360.03520.22330.01370.129812.5435-28.82747.5866
71.50340.3715-0.07662.3955-0.16691.89860.03390.1017-0.31640.0209-0.02730.15890.3093-0.4185-0.04270.1691-0.0673-0.00290.2065-0.03330.1897-5.4122-43.350715.7643
81.9510.2819-0.72811.2150.152.1311-0.04250.3503-0.1438-0.0138-0.0310.00970.4144-0.4366-0.00620.2122-0.045-0.02560.224-0.08390.1392-4.5719-39.28448.6253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 856:923)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 924:964)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 965:1041)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 1042:1103)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 857:923)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 924:964)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resseq 965:1041)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resseq 1042:1102)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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