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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g7w | ||||||||||||
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Title | Type I modPKS reducing region | ||||||||||||
![]() | Type I PKS module 4, module 5 | ||||||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Polyketide synthase / reducing region / modPKS | ||||||||||||
Function / homology | ![]() macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | McCullough, T.M. / Smith, J.L. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of a modular polyketide synthase reducing region. Authors: McCullough, T.M. / Dhar, A. / Akey, D.L. / Konwerski, J.R. / Sherman, D.H. / Smith, J.L. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 792.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 658.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8g7xC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 109451.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: juvEIII / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Ammonium sulfate, Bis-Tris pH 6.5 / PH range: 6.5 - 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→48.8 Å / Num. obs: 36840 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 27.4 % / Biso Wilson estimate: 128.65 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.58 Å / Redundancy: 27.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3424 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→31.481 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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