+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g5v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Empty capsid of Hepatitis B virus | ||||||
要素 | Core protein Cp183 | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Virus capsid | ||||||
機能・相同性 | Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / virus-mediated perturbation of host defense response / structural molecule activity / extracellular region / External core antigen 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, R. / Cingolani, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structural basis for nuclear import of hepatitis B virus (HBV) nucleocapsid core. 著者: Ruoyu Yang / Ying-Hui Ko / Fenglin Li / Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Christine Kim / Shelby Klein / Santiago Antolínez / Juan F Marín / Carolina Pérez-Segura / Martin F Jarrold ...著者: Ruoyu Yang / Ying-Hui Ko / Fenglin Li / Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Christine Kim / Shelby Klein / Santiago Antolínez / Juan F Marín / Carolina Pérez-Segura / Martin F Jarrold / Adam Zlotnick / Jodi A Hadden-Perilla / Gino Cingolani / 要旨: Nuclear import of the hepatitis B virus (HBV) nucleocapsid is essential for replication that occurs in the nucleus. The ~360-angstrom HBV capsid translocates to the nuclear pore complex (NPC) as an ...Nuclear import of the hepatitis B virus (HBV) nucleocapsid is essential for replication that occurs in the nucleus. The ~360-angstrom HBV capsid translocates to the nuclear pore complex (NPC) as an intact particle, hijacking human importins in a reaction stimulated by host kinases. This paper describes the mechanisms of HBV capsid recognition by importins. We found that importin α1 binds a nuclear localization signal (NLS) at the far end of the HBV coat protein Cp183 carboxyl-terminal domain (CTD). This NLS is exposed to the capsid surface through a pore at the icosahedral quasi-sixfold vertex. Phosphorylation at serine-155, serine-162, and serine-170 promotes CTD compaction but does not affect the affinity for importin α1. The binding of 30 importin α1/β1 augments HBV capsid diameter to ~620 angstroms, close to the maximum size trafficable through the NPC. We propose that phosphorylation favors CTD externalization and prompts its compaction at the capsid surface, exposing the NLS to importins. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g5v.cif.gz | 299.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8g5v.ent.gz | 248.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g5v_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8g5v_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8g5v_validation.xml.gz | 65.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g5v_validation.cif.gz | 97 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/8g5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29756MC 7umiC 8g6vC 8g8yC 8gcnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21146.217 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W6CP35 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hepatitis B virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23919 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|