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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g2s | ||||||
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タイトル | Horse liver alcohol dehydrogense His-51-Gln form complexed with NAD+ and capric acid | ||||||
![]() | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase horse liver His-51 Gln substitution complex with NAD+ and capric acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Plapp, B.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Histidine-51 facilitates deprotonation of the zinc-bound ligand during catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase 著者: Plapp, B.V. / Kovaleva, E.G. #1: ![]() タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes. 著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. #2: ![]() タイトル: Participation of histidine-51 in catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: LeBrun, L.A. / Park, D.H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #3: ![]() タイトル: Proton Transfer In The Mechanism Of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Kovaleva, E.G. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Control of coenzyme binding to horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: Plapp, B.V. / LeBrun, L.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39843.258 Da / 分子数: 2 / 変異: H51Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 762分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/DKA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/DKA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: block |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: 10 mg/ml protein in 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfate buffer with 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+ and 1 mM sodium caprate, 13 % 2-methyl-2,4-pentanediol, raised to 25% ...詳細: 10 mg/ml protein in 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfate buffer with 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+ and 1 mM sodium caprate, 13 % 2-methyl-2,4-pentanediol, raised to 25% MPD, then crystals soaked with 1 mM acetaldehyde at 278 K for 70 min and then with 100 mM sodium caprate for 2 h before pliunging into liquid N2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月18日 / 詳細: confocal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→19.98 Å / Num. obs: 114498 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 437190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1n8k 解像度: 1.45→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.063 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.45→19.98 Å
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拘束条件 |
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