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- PDB-8g2s: Horse liver alcohol dehydrogense His-51-Gln form complexed with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g2s
タイトルHorse liver alcohol dehydrogense His-51-Gln form complexed with NAD+ and capric acid
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase horse liver His-51 Gln substitution complex with NAD+ and capric acid
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Plapp, B.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)AA00279 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Histidine-51 facilitates deprotonation of the zinc-bound ligand during catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase
著者: Plapp, B.V. / Kovaleva, E.G.
#1: ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2024
タイトル: Solvent isotope and mutagenesis studies on the proton relay system in yeast alcohol dehydrogenase 1.
著者: Plapp, B.V.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes.
著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Participation of histidine-51 in catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase.
著者: LeBrun, L.A. / Park, D.H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V.
#4: ジャーナル: Ph.D. Thesis / 年: 2004
タイトル: Proton Transfer In The Mechanism Of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase
著者: Kovaleva, E.G.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Control of coenzyme binding to horse liver alcohol dehydrogenase.
著者: Plapp, B.V. / LeBrun, L.A.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,97413
ポリマ－79,6872
非ポリマー2,28811
水13,529751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.240, 51.250, 92.460
Angle α, β, γ (deg.)92.01, 102.87, 109.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 39843.258 Da / 分子数: 2 / 変異: H51Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: liver / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 762分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM)


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: block
結晶化温度: 278 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 10 mg/ml protein in 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfate buffer with 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+ and 1 mM sodium caprate, 13 % 2-methyl-2,4-pentanediol, raised to 25% ...詳細: 10 mg/ml protein in 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminoethanesulfate buffer with 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+ and 1 mM sodium caprate, 13 % 2-methyl-2,4-pentanediol, raised to 25% MPD, then crystals soaked with 1 mM acetaldehyde at 278 K for 70 min and then with 100 mM sodium caprate for 2 h before pliunging into liquid N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月18日 / 詳細: confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.98 Å / Num. obs: 114498 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 437190
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsRrim(I) allΧ2Net I/σ(I) obs
1.45-1.552.13.550.212494468110.2481.54.3
1.5-1.5685.13.740.11142222111780.130.97.1
1.56-1.6387.23.820.07843734114270.0910.7810.1
1.63-1.7288.53.820.06444389115720.0740.8213.2
1.72-1.8389.83.820.05545258117970.0640.8816.3
1.83-1.9791.13.820.04845592118990.0560.9319.9
1.97-2.1792.73.830.04246408121120.0490.9723.4
2.17-2.4894.13.830.03947382123630.0451.0627.3
2.48-3.1295.93.820.03348101125550.0391.2534.9
3.12-19.9897.73.740.02449160127840.0292.3466.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.9.9.8Lデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
d*TREKデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1n8k

1n8k


解像度: 1.45→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.063 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18912 2272 2 %RANDOM
Rwork0.15624 ---
obs0.15689 112223 87.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å2-0.52 Å20.18 Å2
2--0.46 Å2-0.02 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5568 0 140 751 6459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.6888279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4991.61314013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7435790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89623.458240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.332151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.191.313060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1891.3093059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6861.9683837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6861.9683838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.041.5563039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0391.5563040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0182.2354425
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.20817.0176792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.96416.3216584
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.95 92 -
Rwork0.711 4516 -
obs--47.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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