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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g0n | ||||||
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タイトル | FphI, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases I, apo form | ||||||
![]() | Fluorophosphonate-binding serine hydrolase I | ||||||
![]() | HYDROLASE / FphI / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase | ||||||
機能・相同性 | Esterase/lipase / carboxylesterase / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase activity / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha/beta fold hydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fellner, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FphI, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases I, apo form 著者: Fellner, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 171.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27686.197 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: USA300 / 遺伝子: est_1 / プラスミド: F1012 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 ul 10.2 mg/ml FphI (20mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl) were mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Magnesium chloride hexahydrate, 100mM MES pH 6.0 and ...詳細: 0.2 ul 10.2 mg/ml FphI (20mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl) were mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Magnesium chloride hexahydrate, 100mM MES pH 6.0 and 20% w/v PEG 6000. Crystal appeared within a day at 16C and grew until day 2.5. Crystal was incubated for ~10s in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir prior to freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9536 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→47.54 Å / Num. obs: 87208 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 825837 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.16 Å / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Num. measured all: 23112 / Num. unique obs: 3513 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.336 / Rrim(I) all: 0.907 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→47.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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