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万見
- PDB-9c0l: FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c0l
タイトルFphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases H, apo crystal form 2
要素Alpha/beta fold hydrolase
キーワードHYDROLASE / FphH / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase
機能・相同性Esterase/lipase / : / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha/beta fold hydrolase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus USA300-CA-263 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Fellner, M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Capability Build Funding - New Zealand Synchrotron Group Ltd ニュージーランド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Similar but Distinct-Biochemical Characterization of the Staphylococcus aureus Serine Hydrolases FphH and FphI.
著者: Fellner, M. / Randall, G. / Bitac, I.R.C.G. / Warrender, A.K. / Sethi, A. / Jelinek, R. / Kass, I.
履歴
登録2024年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta fold hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4965
ポリマ－28,3361
非ポリマー1604
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.898, 60.898, 164.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-466-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta fold hydrolase


分子量: 28335.621 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA300-CA-263 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: est_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HZA6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3 uL 9.1 mg/mL FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.15 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 8.5, 25 % ...詳細: 0.3 uL 9.1 mg/mL FphH (10mM HEPES pH 7.6, 100mM NaCl) were mixed with 0.15 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 200mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 8.5, 25 % w/v PEG 2000 MME. Crystal was frozen in a solution of ~25% Ethylenglycol, 75% reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→48.94 Å / Num. obs: 30069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 576148
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.565 / Num. measured all: 30217 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 2.636 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.8データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→41.66 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 1491 4.98 %
Rwork0.1842 --
obs0.1857 29956 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1959 0 4 145 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8882725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.437263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.850.34361210.33292428X-RAY DIFFRACTION96
1.85-1.910.30351420.25382529X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.2541210.21452542X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.2481420.20032544X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.23411380.19092570X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.19351380.16312558X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.510.2091270.1792583X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.760.23911400.18242592X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.21971220.19092639X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.980.2031440.18212657X-RAY DIFFRACTION100
3.98-41.660.19411560.16732823X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2233-0.5638-0.12421.74680.10662.62530.06390.28090.1837-0.2002-0.0072-0.0251-0.2330.0124-0.0540.2501-0.0260.0120.24340.02330.221519.2626-8.400419.2869
22.88990.8296-0.99832.4477-0.76382.46980.06650.35120.8349-0.380.0858-0.172-0.65910.0156-0.13280.6460.01470.06040.36640.10470.58619.844910.430314.1654
33.4138-1.4192-0.69971.7475-0.4932.78320.0574-0.28450.23590.02860.0395-0.1209-0.32770.2222-0.08760.2851-0.07440.00750.2911-0.03310.223118.2412-5.535234.5591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 124 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 177 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 178 through 246 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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