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- PDB-8fvd: E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP (potassium malonate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fvd
タイトルE coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP (potassium malonate + 100 mM MgCl2)
要素CTP synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTF / MALONIC ACID / CTP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)114895 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.
履歴
登録2023年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP synthase
B: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1578
ポリマ－120,8942
非ポリマー1,2636
水3,243180
1
A: CTP synthase
B: CTP synthase
ヘテロ分子

A: CTP synthase
B: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,31416
ポリマ－241,7884
非ポリマー2,52612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area13440 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area75970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.069, 110.013, 129.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase


分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-GTF / 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / Gemcitabine-TRIPHOSPHATE / ゲムシタビン三りん酸


分子量: 503.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14F2N3O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→101 Å / Num. obs: 92195 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 67.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 2.631 / Mean I/σ(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 9010 / CC1/2: 0.692 / CC star: 0.927 / Rpim(I) all: 0.747 / Rrim(I) all: 2.736 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv


解像度: 2.38→100.93 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.5935
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 3762 5.04 %
Rwork0.2087 70807 -
obs0.2099 74569 80.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→100.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8316 0 76 180 8572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00198623
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.439311715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04271325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.32453257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.410.5961100.3941215X-RAY DIFFRACTION6.64
2.41-2.450.4844140.3993401X-RAY DIFFRACTION12.41
2.45-2.480.3037280.407559X-RAY DIFFRACTION17.47
2.48-2.510.4096430.3904726X-RAY DIFFRACTION22.85
2.51-2.550.3778560.3871248X-RAY DIFFRACTION38.5
2.55-2.590.3947850.39411552X-RAY DIFFRACTION48.71
2.59-2.630.41031120.39792141X-RAY DIFFRACTION66.09
2.63-2.680.36891500.37662559X-RAY DIFFRACTION80.39
2.68-2.730.38651520.37632823X-RAY DIFFRACTION87.94
2.73-2.780.34491510.36293134X-RAY DIFFRACTION96.42
2.78-2.840.35051640.3483160X-RAY DIFFRACTION98.4
2.84-2.90.33281570.33373245X-RAY DIFFRACTION99.88
2.9-2.970.35191640.33683227X-RAY DIFFRACTION99.91
2.97-3.040.35381850.32243243X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.120.34031720.29323198X-RAY DIFFRACTION99.91
3.12-3.220.27671790.25833217X-RAY DIFFRACTION99.91
3.22-3.320.26371580.23573257X-RAY DIFFRACTION99.97
3.32-3.440.26881860.22293233X-RAY DIFFRACTION99.97
3.44-3.580.22991800.21063217X-RAY DIFFRACTION99.94
3.58-3.740.20431890.19913249X-RAY DIFFRACTION99.97
3.74-3.940.23381810.18173244X-RAY DIFFRACTION99.94
3.94-4.180.19091680.16443279X-RAY DIFFRACTION99.91
4.18-4.50.18971650.14623268X-RAY DIFFRACTION99.83
4.5-4.960.17261600.14553291X-RAY DIFFRACTION99.77
4.96-5.670.17831900.1583295X-RAY DIFFRACTION99.91
5.68-7.150.2081670.19363352X-RAY DIFFRACTION99.94
7.15-100.930.19941960.17823474X-RAY DIFFRACTION99.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31471409160.591923395783-0.1470749149620.876313007434-0.6137453594551.430892610750.0224514903069-0.3266397820240.0712162069680.218481064983-0.165080626824-0.0379146399287-0.2037797960590.12898680097-4.56407893095E-50.523185089451-0.0837839402785-0.02038186354360.478166835778-0.04634239596940.447361171341-71.106784111813.2892309807-39.4660595025
20.983704484199-0.120971424755-0.06377142134781.314098775040.5781389015392.48894606207-0.003603735097670.1936673710810.217504406046-0.225289754043-0.045637301082-0.106992707918-0.3737938337450.2140039420382.77150313622E-50.471252189127-0.0602949372358-0.006265454503190.3969625812040.05970151554330.476020821421-66.880234364516.3724138835-58.8380938135
31.45049661045-0.296837479844-0.4924030160321.26590359203-1.183543091592.96588969129-0.174810582736-0.603341513075-0.2374260674210.365341577944-0.189034438766-0.307987941281-0.2352621402780.754184638649-0.005304916928550.622528361963-0.222462857595-0.144609740410.9668963693260.249167454710.6897750891-43.68432686769.70717279049-24.0638431171
41.109701371580.1423263101260.123923154740.247775636104-0.2782640291280.3899201070990.1183401710860.165657379725-0.0350825169563-0.240509714727-0.171170692739-0.1136943355590.2288893260870.2040258002831.49249641508E-50.60316339440.1041502919960.0285097182670.5401964770880.002760040704360.483129119934-64.7307727641-15.1846904437-78.1080231299
50.759457905994-0.00927975845365-0.9185993829240.793159755677-0.0486181642731.10499116824-0.161379800150.6403242747540.188050673815-0.154105449278-0.0141116443848-0.1494529324460.101537447260.1208445164820.0001134200527320.6503348003750.1317153807090.0005898991688120.642613164054-0.0388333456150.518130947817-66.4217282101-8.63877657343-89.4126360806
61.20318919826-0.772127496603-0.1811318720180.847535459287-0.3347433810690.725341618797-0.08370764972940.206842551546-0.284830890135-0.1223368796860.03051192848250.3421472130630.261882426066-0.0753085174247-0.0001201190428010.5267939430160.01585325185250.01293545192970.507854661341-0.0360874998250.522029748745-78.8827063497-12.3884704738-80.4966265425
71.29585400921-0.0327455765303-0.3250134325731.297393253621.058730214052.12213606586-0.0303309466788-0.310472344919-0.1165851648190.2242566512280.0146428250595-0.1804884156030.4177272861980.374516476529-7.59385572576E-50.6055748506220.09560708138920.01504228740330.4386986381040.07717617002620.526731031909-62.3845540341-14.9933740902-63.3144474287
81.39165731304-0.06868431655820.2197227618471.77570860612-0.3911394882111.91502076743-0.08855183795890.3232627970150.500754245907-0.2419458956730.0555455543451-0.283043422604-0.1746090066550.464479081753-0.0001478803241610.5884580709810.06649683021010.1235461604950.7629628995960.1467760248980.83363952756-43.0901696492-0.315526423927-97.4227980356
90.3497638667130.4567279796150.1188471253740.5816173282460.1893004504220.2159050064750.02586752504850.5195246387250.149946369371-0.1543177296050.0939892897205-0.1723329590.1438102817840.515635819042.96387475492E-60.8555032171350.2296719641120.1467278447381.054259943640.191334100890.633294932033-46.4786133563-9.01929381654-107.014973308
100.049365316866-0.06844926846940.04519076484810.654877522073-0.3586409877140.21530664918-0.1063444216990.8433291878380.252096732149-0.606224171693-0.0679862490837-0.1517735074650.7569514460771.208189781370.0001714878183890.8087752617240.147162826640.1721729486941.33341515390.1379718360770.778373371684-40.5699989762-8.07957032786-108.98340809
110.2487614839840.3517640152340.2792766183210.4807603241790.3633228616680.396808532369-0.2393434445120.7239945407770.096607730695-0.2091473329620.0923334670212-0.07077286235440.384229465470.3890713995120.000111955855810.6391810654460.1991094659640.08827967579570.9220886478020.09635324526290.719365644225-39.1631686195-10.484394041-92.6415774855
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 147 )AA1 - 1471 - 147
22chain 'A' and (resid 148 through 273 )AA148 - 273148 - 273
33chain 'A' and (resid 274 through 543 )AA274 - 543274 - 533
44chain 'B' and (resid 1 through 48 )BE1 - 481 - 48
55chain 'B' and (resid 49 through 105 )BE49 - 10549 - 105
66chain 'B' and (resid 106 through 164 )BE106 - 164106 - 164
77chain 'B' and (resid 165 through 273 )BE165 - 273165 - 273
88chain 'B' and (resid 274 through 452 )BE274 - 452274 - 443
99chain 'B' and (resid 453 through 482 )BE453 - 482444 - 473
1010chain 'B' and (resid 483 through 508 )BE483 - 508474 - 499
1111chain 'B' and (resid 509 through 543 )BE509 - 543500 - 534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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