PDB-8fvc: E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP (potassium malonate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fvc

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP (potassium malonate + 5 mM MgCl2)

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fvc.cif.gz	239.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fvc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv7C 8fv8C 8fv9C 8fvaC 8fvbC 8fvdC 8fveC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
245 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.796, 103.967, 131.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GTF / 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / Gemcitabine-TRIPHOSPHATE / ゲムシタビン三りん酸分子量: 503.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄F₂N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 1.3777 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3777 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→81.7 Å / Num. obs: 103987 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 7.11 % / R_merge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 10148 / CC_1/2: 0.629 / CC star: 0.92 / R_pim(I) all: 0.458 / R_rim(I) all: 1.243 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 2.281→81.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.083 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	5239	5.038 %
R_work	0.1934	98748	-
all	0.195	-	-
obs	-	103987	99.721 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.888 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.558 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.281→81.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8326	0	88	476	8890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.641	11834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.09	1.576	19215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.736	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.284	22.109	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.679	15	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.384	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.2	7677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.141	0.2	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.132	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.687	4.751	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.687	4.75	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.905	7.114	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.904	7.115	5454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.744	5.019	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.743	5.019	4361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.091	7.415	6381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.091	7.414	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.168	55.201	9262
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.101	55.105	9155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.281-2.34	0.311	382	0.304	7042	X-RAY DIFFRACTION	97.3512
2.34-2.405	0.272	404	0.281	7029	X-RAY DIFFRACTION	99.9193
2.405-2.474	0.268	361	0.265	6894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.55	0.272	358	0.254	6654	X-RAY DIFFRACTION	99.9857
2.55-2.634	0.266	352	0.251	6461	X-RAY DIFFRACTION	99.9853
2.634-2.726	0.266	358	0.239	6231	X-RAY DIFFRACTION	99.9848
2.726-2.829	0.244	322	0.224	6069	X-RAY DIFFRACTION	99.9844
2.829-2.945	0.248	311	0.218	5841	X-RAY DIFFRACTION	99.9837
2.945-3.076	0.269	311	0.222	5591	X-RAY DIFFRACTION	99.9661
3.076-3.226	0.24	253	0.209	5391	X-RAY DIFFRACTION	99.9646
3.226-3.4	0.212	283	0.194	5051	X-RAY DIFFRACTION	99.9063
3.4-3.606	0.239	262	0.188	4864	X-RAY DIFFRACTION	99.8442
3.606-3.855	0.213	233	0.17	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.8341
3.855-4.164	0.187	200	0.158	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.8884
4.164-4.561	0.161	203	0.141	3916	X-RAY DIFFRACTION	99.8062
4.561-5.099	0.171	178	0.147	3576	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
5.099-5.887	0.183	161	0.165	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.8505
5.887-7.207	0.185	131	0.18	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.9299
7.207-10.183	0.169	116	0.144	2125	X-RAY DIFFRACTION	99.6443
10.183-81.7	0.22	60	0.217	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.5465

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)