PDB-8fv9: E coli. CTP synthase in complex with F-dCTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fv9

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with F-dCTP

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / cytoophidium / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.991 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年6月14日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Experimental preparation カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / exptl_crystal / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _exptl_crystal.density_meas / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fv9.cif.gz	251.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fv9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv7C 8fv8C 8fvaC 8fvbC 8fvcC 8fvdC 8fveC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
245 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.419, 103.506, 131.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1091- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-80J / 2'-deoxy-2'-fluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / 2′-フルオロ-2′-デオキシシチジン5′-三りん酸分子量: 485.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅FN₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / Density meas: 73.43 Mg/m³
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→43.8 Å / Num. obs: 152954 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.6 Å² / CC_1/2: 0.96 / CC star: 0.648 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 14592 / CC_1/2: 0.648 / CC star: 0.887 / R_pim(I) all: 0.346 / R_rim(I) all: 0.95 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 1.991→43.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.874 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2049	7768	5.079 %
R_work	0.1904	145186	-
all	0.191	-	-
obs	-	152954	99.573 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.008 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.991→43.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8312	0	86	822	9220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.65	11940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.098	1.58	19382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.55	5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.625	22.135	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.867	15	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.753	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.142	0.2	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.059	3.731	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.059	3.73	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.864	5.586	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.864	5.586	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.003	3.887	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.003	3.891	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.751	5.764	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.75	5.764	6463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.191	44.596	9821
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.938	44.091	9601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.991-2.043	0.263	535	0.261	10101	X-RAY DIFFRACTION	94.7022
2.043-2.099	0.247	572	0.24	10360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.099-2.16	0.25	549	0.233	10153	X-RAY DIFFRACTION	99.9907
2.16-2.226	0.23	511	0.219	9840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.299	0.233	492	0.218	9604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.38	0.234	493	0.214	9199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.215	462	0.206	8970	X-RAY DIFFRACTION	99.9894
2.47-2.571	0.222	466	0.213	8597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.685	0.246	442	0.22	8214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.685-2.816	0.239	412	0.217	7945	X-RAY DIFFRACTION	99.988
2.816-2.968	0.236	382	0.215	7535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.148	0.235	379	0.21	7149	X-RAY DIFFRACTION	99.9734
3.148-3.365	0.203	363	0.187	6701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.365-3.635	0.201	365	0.178	6231	X-RAY DIFFRACTION	99.9697
3.635-3.981	0.172	309	0.16	5810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.981-4.451	0.173	272	0.15	5228	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
4.451-5.138	0.155	278	0.146	4654	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
5.138-6.291	0.167	229	0.165	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
6.291-8.886	0.164	167	0.165	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
8.886-43.8	0.231	90	0.207	1805	X-RAY DIFFRACTION	98.5952

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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