PDB-8fv8: E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP + ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fv8

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP + ADP

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fv8.cif.gz	419 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fv8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv7C 8fv9C 8fvaC 8fvbC 8fvcC 8fvdC 8fveC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.014, 109.426, 129.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-960- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GTF / 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / Gemcitabine-TRIPHOSPHATE / ゲムシタビン三りん酸分子量: 503.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄F₂N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.6534 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6534 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→83.5 Å / Num. obs: 140206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 13859 / CC_1/2: 0.749 / CC star: 0.925 / R_pim(I) all: 0.749 / R_rim(I) all: 1.641 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 2.05→83.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.352 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	6950	4.962 %
R_work	0.1973	133116	-
all	0.198	-	-
obs	-	140066	99.766 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.089 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.504 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.396 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.107 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→83.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8334	0	116	548	8998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.239	1.643	12071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.155	1.577	19429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.082	5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.989	22.056	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.548	15	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.855	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	8381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.147	0.2	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	3.995	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.226	3.995	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.134	5.979	5488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.134	5.98	5489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.176	4.17	4483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.176	4.17	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.048	6.186	6573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.048	6.186	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.299	47.42	9776
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.178	47.024	9635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.295	499	0.29	9785	X-RAY DIFFRACTION	99.9903
2.103-2.161	0.286	541	0.264	9442	X-RAY DIFFRACTION	99.9399
2.161-2.224	0.266	457	0.257	9326	X-RAY DIFFRACTION	99.9796
2.224-2.292	0.261	479	0.245	9012	X-RAY DIFFRACTION	99.9684
2.292-2.367	0.262	478	0.235	8644	X-RAY DIFFRACTION	99.9671
2.367-2.45	0.236	412	0.233	8481	X-RAY DIFFRACTION	99.9775
2.45-2.543	0.236	414	0.22	8216	X-RAY DIFFRACTION	99.919
2.543-2.646	0.246	386	0.224	7895	X-RAY DIFFRACTION	99.9276
2.646-2.764	0.255	404	0.221	7513	X-RAY DIFFRACTION	99.9117
2.764-2.899	0.231	381	0.215	7203	X-RAY DIFFRACTION	99.9078
2.899-3.056	0.248	358	0.222	6902	X-RAY DIFFRACTION	99.9587
3.056-3.241	0.223	344	0.207	6524	X-RAY DIFFRACTION	99.7241
3.241-3.465	0.222	302	0.196	6123	X-RAY DIFFRACTION	99.5815
3.465-3.742	0.19	300	0.18	5722	X-RAY DIFFRACTION	99.5207
3.742-4.099	0.184	281	0.163	5251	X-RAY DIFFRACTION	99.4964
4.099-4.582	0.172	277	0.139	4771	X-RAY DIFFRACTION	99.331
4.582-5.291	0.168	222	0.15	4237	X-RAY DIFFRACTION	99.4425
5.291-6.478	0.171	189	0.183	3605	X-RAY DIFFRACTION	99.2414
6.478-9.153	0.196	141	0.173	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.2722
9.153-83.5	0.285	85	0.247	1604	X-RAY DIFFRACTION	96.1298

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4093	-0.221	0.0591	0.2407	0.2181	0.6602	0.0412	0.1219	-0.0241	-0.0816	-0.1984	0.0707	-0.0916	-0.1831	0.1572	0.0526	0.104	-0.0294	0.2304	-0.0539	0.0449	55.8209	12.513	36.4583
2	0.4968	0.1482	-0.152	0.1219	-0.0915	0.3936	0.0341	-0.0563	0.0492	0.058	-0.0802	0.0457	0.0326	-0.0374	0.0462	0.0528	-0.0758	0.0381	0.1144	-0.0487	0.038	53.9597	-7.8942	86.1385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 543
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 543

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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