PDB-8fv6: E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fv6

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fv6.cif.gz	243.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fv6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fv6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fv6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8fv6_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	8fv6_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv7C 8fv8C 8fv9C 8fvaC 8fvbC 8fvcC 8fvdC 8fveC 8sbrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.402, 108.955, 129.019
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-932- HOH
2	1	BBB-1050- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID 分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GTF / 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / Gemcitabine-TRIPHOSPHATE 分子量: 503.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄F₂N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.9 Å / Num. obs: 106448 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.9 Å² / CC_1/2: 0.952 / CC star: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 10497 / CC_1/2: 0.798 / CC star: 0.942 / R_pim(I) all: 0.233 / R_rim(I) all: 0.853 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→48.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.404 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	5316	4.994 %
R_work	0.1896	101132	-
all	0.191	-	-
obs	-	106448	99.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8334	0	76	498	8908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.644	11775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	1.573	18860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.719	5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.022	22.155	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.065	15	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.49	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	8027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.143	0.2	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.535	4.96	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.534	4.96	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.708	7.43	5386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.708	7.43	5387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.32	5.1	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.32	5.099	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.373	7.571	6373
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.373	7.57	6374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.589	57.129	9425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.51	57.013	9305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.307	0.329	372	0.311	7327	X-RAY DIFFRACTION	99.1756
2.307-2.37	0.292	381	0.288	7243	X-RAY DIFFRACTION	99.9476
2.37-2.439	0.301	370	0.272	7016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.439-2.514	0.272	384	0.25	6794	X-RAY DIFFRACTION	99.9861
2.514-2.596	0.256	372	0.246	6622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.687	0.266	352	0.231	6380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.789	0.237	303	0.223	6205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.789-2.903	0.23	298	0.211	5967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.903-3.032	0.235	300	0.209	5755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.179	0.197	297	0.193	5466	X-RAY DIFFRACTION	99.9827
3.179-3.351	0.219	264	0.188	5244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.554	0.189	281	0.171	4926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.554-3.8	0.188	238	0.164	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.104	0.172	200	0.157	4383	X-RAY DIFFRACTION	100
4.104-4.495	0.159	209	0.146	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.495-5.025	0.169	182	0.147	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
5.025-5.801	0.186	181	0.161	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
5.801-7.101	0.204	148	0.178	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
7.101-10.027	0.156	121	0.141	2187	X-RAY DIFFRACTION	100
10.027-48.9	0.233	63	0.194	1253	X-RAY DIFFRACTION	97.6986

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関連情報:EMDBヘッダ

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