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- PDB-8fox: AbeH (Tryptophan-5-halogenase) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fox
タイトルAbeH (Tryptophan-5-halogenase)
要素Tryptophan 5-halogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / halogenase / flavin
機能・相同性Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Tryptophan 5-halogenase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ashaduzzaman, M. / Bellizzi, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM144877 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH.
著者: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J.
履歴
登録2023年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 5-halogenase
B: Tryptophan 5-halogenase
C: Tryptophan 5-halogenase
D: Tryptophan 5-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,55516
ポリマ－233,4024
非ポリマー1,15312
水36,0662002
1
A: Tryptophan 5-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7355
ポリマ－58,3511
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tryptophan 5-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6394
ポリマ－58,3511
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tryptophan 5-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5433
ポリマ－58,3511
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tryptophan 5-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6394
ポリマ－58,3511
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.450, 251.130, 68.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tryptophan 5-halogenase


分子量: 58350.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: abeH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F6LWA5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2002 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Drop: 2 uL of 40 uM AbeH/20 mM HEPES pH 7.5/350 mM NaCl + 2 uL of reservoir solution Reservoir solution: 500 uL of 100 mM Bis-Tris Propane pH 7.0, 150 mM MgSO4, 25% (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→60.1 Å / Num. obs: 159987 / % possible obs: 99.88 % / Observed criterion σ(I): 2.88 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04645 / Rpim(I) all: 0.04645 / Rrim(I) all: 0.06569 / Net I/σ(I): 9.27
反射 シェル解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 15847 / CC1/2: 0.8 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.274 / Rrim(I) all: 0.3875 / % possible all: 99.37

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→60.1 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 2008 1.25 %
Rwork0.1575 158376 -
obs0.1578 159987 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.19 Å2 / Biso mean: 23.34 Å2 / Biso min: 7.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→60.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15684 0 60 2002 17746
Biso mean--37 33.69 -
残基数----1963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.89-1.940.28951550.2317111421129799
1.94-1.990.2361410.19421130811449100
1.99-2.050.19511280.1761134811476100
2.05-2.110.19991540.16481130111455100
2.11-2.190.23011410.16241136111502100
2.19-2.280.20461440.16131129611440100
2.28-2.380.21831460.16271126311409100
2.38-2.50.18551350.15241133411469100
2.5-2.660.20121490.1581130411453100
2.66-2.870.18351450.16061134911494100
2.87-3.150.18481330.15431131511448100
3.16-3.610.15581480.14261135011498100
3.61-4.550.14631440.13321138311527100
4.55-60.10.17271450.1615113221146799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20340.83610.26611.4428-0.14450.72070.0675-0.10750.0810.1261-0.0232-0.0557-0.11250.0013-0.04430.11760.00240.01940.0897-0.00260.090922.795214.32353.595
20.63250.1806-0.52293.2076-2.13413.18570.0876-0.1071-0.20980.01060.17230.41240.1083-0.3533-0.2090.1152-0.0120.01860.170.05230.22133.421192.64961.508
31.91570.0078-0.52041.3016-0.1810.87740.00580.04310.1146-0.0614-0.0065-0.1543-0.10180.0668-0.01930.1183-0.02350.00020.098-0.00460.088127.866215.82849.011
41.03360.13880.04381.9971-0.5062.62430.14220.19840.0268-0.3737-0.03340.1187-0.1542-0.1189-0.06320.1462-0.0667-0.01370.11390.00850.095314.703205.38940.445
50.63030.0470.1010.9999-0.13280.64440.03270.0301-0.0554-0.13140.009-0.00570.03890.0111-0.03690.1005-0.00910.00710.0936-0.00430.08119.385198.44646.702
61.54450.5117-0.77023.0052-1.42351.6590.0277-0.15790.07820.58080.23580.6899-0.3723-0.308-0.22250.15640.05630.10970.28460.02120.2888-0.456209.63565.617
70.6060.3118-0.13611.3275-0.28411.149-0.01680.0195-0.0775-0.10180.0509-0.13260.01490.04920.00170.08130.00460.00540.0936-0.01840.1191-22.741117.57835.379
81.18350.1362-0.73461.05380.10351.5493-0.012-0.0154-0.15540.0326-0.0110.00670.1493-0.06960.04120.0924-0.0021-0.03050.08580.01650.1264-33.15108.11342.885
91.63730.08210.95832.81350.16060.75820.08040.2403-0.2185-0.3774-0.02860.041-0.0012-0.026-0.04110.1524-0.0272-0.02540.12850.04290.0935-34.57117.95725.669
100.43220.15050.16680.95460.11140.7022-0.02360.0308-0.0429-0.13580.0425-0.0157-0.0560.0077-0.01250.0874-0.00650.00250.09470.00720.1046-29.263124.70433.092
112.06910.94760.48582.91510.09722.02060.0912-0.1062-0.02930.13920.05630.0619-0.0931-0.1069-0.1330.1517-0.03620.03150.15260.05230.119516.532173.28482.037
121.22170.37230.57361.6787-0.43811.05910.0115-0.09260.13130.2534-0.0561-0.0145-0.14950.02320.01380.1979-0.0048-0.02250.1221-0.01240.103733.356192.02384.932
130.58430.19440.15731.0241-0.10750.81910.0521-0.086-0.03480.0973-0.02160.03980.055-0.032-0.01920.0987-0.001-0.00340.13180.02830.117925.326178.88581.798
142.1496-0.36050.29431.6968-0.23911.1684-0.062-0.2187-0.26150.3598-0.0069-0.22670.21450.19410.05110.2104-0.0038-0.01680.16640.08130.212842.583174.59886.867
150.79770.45260.27371.1819-0.3290.754-0.02380.0912-0.007-0.0868-0.0219-0.11260.01390.14180.02770.0988-0.01340.01740.1310.00960.120434.278183.68269.154
163.20132.6587-2.75164.6827-3.19416.67560.3805-0.41180.25450.7357-0.1424-0.0309-0.56740.329-0.17330.2542-0.0191-0.05210.1742-0.04430.227532.538205.01291.435
170.84960.13820.11362.0003-0.6471.7504-0.07280.10930.0157-0.0870.0175-0.2307-0.24370.29590.05980.1551-0.0693-0.00110.16520.0150.12980.803150.55148.489
181.02640.34080.1861.73050.14670.96840.0703-0.1353-0.13820.1445-0.0487-0.08450.1160.0526-0.00910.1441-0.0094-0.03520.1260.02210.1107-5.854126.2465.442
191.12160.04070.40351.72-0.39550.8822-0.14070.06110.2698-0.039-0.0409-0.0732-0.42580.12140.15140.2938-0.0636-0.03530.15490.01540.1449-4.373161.95549.007
201.1767-0.28210.39851.62080.14721.46170.0153-0.18830.2640.3474-0.0909-0.1242-0.2150.04120.06330.2825-0.07260.00510.1479-0.00890.1396-7.123149.81273.201
210.57660.41610.13041.2803-0.29390.7890.037-0.09260.04450.0944-0.01810.1778-0.0878-0.0871-0.03530.1031-0.00260.0250.1116-0.0080.1063-19.406140.54858.027
224.85581.86930.3153.6037-0.1611.658-0.0264-0.132-0.34470.2686-0.0137-0.62660.06830.2476-0.00630.19260.0301-0.06980.15960.0140.1822.842120.02164.569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:88 )A0 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 89:124 )A89 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 125:240 )A125 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 241:270 )A241 - 270
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 271:480 )A271 - 480
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 481:514 )A481 - 514
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 0:124 )B0 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 125:240 )B125 - 240
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 241:270 )B241 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 271:514 )B271 - 514
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 0:58 )C0 - 58
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 59:104 )C59 - 104
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 105:240 )C105 - 240
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 241:333 )C241 - 333
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 334:480 )C334 - 480
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 481:510 )C481 - 510
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 0:70 )D0 - 70
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 71:166 )D71 - 166
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 167:240 )D167 - 240
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 241:333 )D241 - 333
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 334:480 )D334 - 480
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 481:509 )D481 - 509

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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