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- PDB-8fo0: The structure of a crystallizable variant of E. coli pyruvate for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fo0
タイトルThe structure of a crystallizable variant of E. coli pyruvate formate-lyase activating enzyme bound to a partially cleaved SAM molecule
要素Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / radical SAM / activase / PFL
機能・相同性
機能・相同性情報


[formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme / [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme activity / potassium ion binding / protein maturation / glucose metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / DNA damage response / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme / Radical-activating enzyme, conserved site / Organic radical enzyme activase / Organic radical-activating enzymes / Pyruvate formate-lyase activase / Radical activating enzymes signature. / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Moody, J.D. / Saxton, A.J. / Galambas, A. / Lawrence, C.M. / Broderick, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM 131889, NIH GM 054608 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Computational engineering of previously crystallized pyruvate formate-lyase activating enzyme reveals insights into SAM binding and reductive cleavage.
著者: Moody, J.D. / Hill, S. / Lundahl, M.N. / Saxton, A.J. / Galambas, A. / Broderick, W.E. / Lawrence, C.M. / Broderick, J.B.
履歴
登録2022年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0264
ポリマ－28,2371
非ポリマー7893
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Enzyme activity assay for transfer of a radical from PFL-AE-CCR8 to PFL
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.580, 58.551, 84.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme / Formate-C-acetyltransferase-activating enzyme 1 / PFL-activating enzyme 1


分子量: 28237.273 Da / 分子数: 1
変異: S1E, E53K, A93E, R111H, Q139K, E151R, K154Q, N158E, K222E, K225R, K226A, E230R
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Computationally redesigned protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: pflA, act, b0902, JW0885 / プラスミド: pET42_SUMO / 詳細 (発現宿主): Kanamycin-resistant / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)RIL
参照: UniProt: P0A9N4, [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.79 % / 解説: Rod-like
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 4 uL of protein (10 mg/mL PFL-AE-CCR8 in 25 mM Tris, 500 200 mM KCl, with 3.5 mM SAM, 5.0 mM 7-mer RVSAYAV peptide, 0.13% glycerol, and 2.5 mM DTT) added to 1 uL of crystallization reservoir ...詳細: 4 uL of protein (10 mg/mL PFL-AE-CCR8 in 25 mM Tris, 500 200 mM KCl, with 3.5 mM SAM, 5.0 mM 7-mer RVSAYAV peptide, 0.13% glycerol, and 2.5 mM DTT) added to 1 uL of crystallization reservoir solution (30% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5) in hanging drop format over a reservoir containing of 50 uL of crystallization reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→34.26 Å / Num. obs: 26396 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 26.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06465 / Rpim(I) all: 0.01912 / Rrim(I) all: 0.06748 / Net I/σ(I): 23.76
反射 シェル解像度: 1.69→1.753 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2527 / CC1/2: 0.898 / CC star: 0.973 / Rpim(I) all: 0.2236 / Rrim(I) all: 0.721 / % possible all: 97.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX1.20.1-4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→34.26 Å / SU ML: 0.1926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4475
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The cleaved and un-cleaved SAM molecule were refined separately and later combined as alternative conformations of a single molecule.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1294 4.9 %Random selection within each resolution shell
Rwork0.1642 25089 --
obs0.1653 26383 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→34.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1972 0 36 137 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03262171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86132951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2923312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8313793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.760.30291270.26332686X-RAY DIFFRACTION97.4
1.76-1.840.23131550.2222723X-RAY DIFFRACTION99.86
1.84-1.940.27051510.20552760X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.060.18131340.17432755X-RAY DIFFRACTION99.97
2.06-2.220.20421340.16912794X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.440.19151500.15612782X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.790.19921310.16952807X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.520.18411750.16622797X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-34.260.15911370.14362985X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00899091761-0.5092145741591.630206631337.1842375096-2.011156873066.465944835130.107750849763-0.0430123320879-0.0413564529612-0.0195196699386-0.1256882805640.1296474048940.416234582895-0.1402385224790.05217512716120.142221155589-0.03444109592730.01369276395170.2057691932360.001484535125670.158639782562-3.9503978167160.365691450628.5511329354
29.415694843511.34480497647-6.546278847321.61684149761-1.105209344164.61223628675-0.000463598324520.3090809672060.236210208045-0.1969508251610.1110304798570.264620289694-0.0215312398738-0.38298796457-0.1017647137170.2428292871950.0256515813826-0.05096984787670.2553722109450.02090520874350.228925194993-4.9283108665770.411174269917.7888759749
35.01987593903-4.97528496042-0.5799355984095.001244422761.012207307693.09948723967-0.517954127314-0.431441656989-0.2346421800370.8012149402760.4869987705030.4242505712060.397743717642-0.348645204890.005570545514360.340637951532-0.03994861089490.07882532243090.2737786748110.007066653788690.297052719972-8.2026230429557.679086207537.6589866276
44.28332858137-2.1312516041.26114864246.01710527933-1.277376904836.28121359810.0106230632533-0.147099793667-0.06654197572970.318028078360.0668536474974-0.09161975433970.255860737612-0.0207540506802-0.04259584841470.111894524631-0.0287486112741-0.02001124819410.132856299842-0.02180854946340.1607432055520.2206393998764.02349413234.9337313148
52.68318596930.681896282115-1.194230169084.50551110073-0.3992066809667.423074633840.0767830505246-0.0432803148560.3147405893260.05998916086590.005733837155610.0616016120908-0.593816572437-0.129827635936-0.1350998236290.1600545197420.047239009626-0.04221477465730.175067008259-0.03144716636780.2351826883435.0738301225672.526412657432.2431035778
61.92239808097-0.120922635991-1.046548656841.096464270790.4447390377266.31308951608-0.00896597087486-0.03581942630590.155179685752-0.1196089991940.156388132227-0.267083714879-0.2653011535670.437090588435-0.1395916212220.171663440311-0.01114482183450.02002885965150.206347841174-0.05218381343290.26910239311414.672419105269.957096479319.0528453823
78.50255379284-1.600406962763.754506614752.944704788090.3111017880176.407309543210.1263791800320.0149082646318-0.23220126144-0.3901571976850.0783555870837-0.0676930137910.373159453746-0.00684240240553-0.2432666900770.289545566972-0.04210594850390.07295218712080.191333037390.007901959059410.1812173493478.5546020289362.188568432916.1693644543
83.06634128483-4.55848951727-1.07710097937.394527726431.12401723434.973204199570.7411504503471.41810577013-0.560086884225-0.946408207747-1.020996808320.676771129701-0.551164811761-0.3457053915220.2337166544630.4908849758220.035919637044-0.05592145755640.56182229605-0.1306818234270.4289442559292.5638374712563.15001805343.13242555078
95.162437175252.925308550724.393905114486.030508112142.924350162413.83358728689-0.211784123251-0.369990033249-0.3555253335640.1851084209490.304271487226-0.4134358087890.7321709153010.657197793898-0.1038543712780.2810524375710.1141872304860.04717855573740.456159486293-0.09112863136020.37438149899221.984732846857.343072962315.4236965358
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 26 )1 - 261 - 26
22chain 'A' and (resid 27 through 51 )27 - 5127 - 51
33chain 'A' and (resid 52 through 65 )52 - 6552 - 65
44chain 'A' and (resid 66 through 96 )66 - 9666 - 96
55chain 'A' and (resid 97 through 122 )97 - 12297 - 122
66chain 'A' and (resid 123 through 187 )123 - 187123 - 187
77chain 'A' and (resid 188 through 211 )188 - 211188 - 211
88chain 'A' and (resid 212 through 225 )212 - 225212 - 225
99chain 'A' and (resid 226 through 245 )226 - 245226 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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