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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fmh | ||||||
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タイトル | Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated tetramer with the cyclic dinucleotide 3'2'-c-dGAMP ligand (2 tetramers in the AU) | ||||||
![]() | SAVED domain-containing protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / cyclic dinucleotide / bacterial immunity / CBASS / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense | ||||||
機能・相同性 | HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / 3'2'-cGAMP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / HNH endonuclease![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rechkoblit, O. / Kreitler, D.F. / Aggarwal, A.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Activation of CBASS Cap5 endonuclease immune effector by cyclic nucleotides. 著者: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Kreitler, D.F. / Buku, A. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 107 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 147.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fm1C ![]() 8fmfSC ![]() 8fmgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 42769.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 1005分子 ![](data/chem/img/4UR.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-4UR / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.0, 0.2 M magnesium chloride, 19-20% PEG3350 PH範囲: 5.5-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→147.839 Å / Num. obs: 151543 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.27 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.871→2.112 Å / Rmerge(I) obs: 0.753 / Num. unique obs: 7577 / CC1/2: 0.644 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 8FMF 解像度: 1.87→38.45 Å / SU ML: 0.2671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.0032 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→38.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.928 Å / Origin y: 102.926 Å / Origin z: 17.449 Å
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精密化 TLSグループ |
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