[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8fmh: Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fmh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae as an activated tetramer with the cyclic dinucleotide 3'2'-c-dGAMP ligand (2 tetramers in the AU) | ||||||
![]() | SAVED domain-containing protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / cyclic dinucleotide / bacterial immunity / CBASS / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense | ||||||
Function / homology | HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / 3'2'-cGAMP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / HNH endonuclease![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rechkoblit, O. / Kreitler, D.F. / Aggarwal, A.K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Activation of CBASS Cap5 endonuclease immune effector by cyclic nucleotides. Authors: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Kreitler, D.F. / Buku, A. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 107 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 147.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fm1C ![]() 8fmfSC ![]() 8fmgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 42769.238 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 7 types, 1005 molecules ![](data/chem/img/4UR.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-4UR / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.0, 0.2 M magnesium chloride, 19-20% PEG3350 PH range: 5.5-6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→147.839 Å / Num. obs: 151543 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.27 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.871→2.112 Å / Rmerge(I) obs: 0.753 / Num. unique obs: 7577 / CC1/2: 0.644 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 8FMF Resolution: 1.87→38.45 Å / SU ML: 0.2671 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 34.0032 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→38.45 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 16.928 Å / Origin y: 102.926 Å / Origin z: 17.449 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|