PDB-8flm: Cryo-EM structure of STING oligomer bound to cGAMP, NVS-STG2 and C53

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8flm

タイトル

Cryo-EM structure of STING oligomer bound to cGAMP, NVS-STG2 and C53

要素

Stimulator of interferon genes protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STING / innate immunity / molecular glue

機能・相同性

機能・相同性情報

STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Li, J. / Canham, S.M. / Zhang, X. / Bai, X. / Feng, Y.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM130289	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM143158	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1702	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1944	米国

引用

ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Activation of human STING by a molecular glue-like compound.
著者: Jie Li / Stephen M Canham / Hua Wu / Martin Henault / Lihao Chen / Guoxun Liu / Yu Chen / Gary Yu / Howard R Miller / Viktor Hornak / Scott M Brittain / Gregory A Michaud / Antonin Tutter / ...
要旨: Stimulator of interferon genes (STING) is a dimeric transmembrane adapter protein that plays a key role in the human innate immune response to infection and has been therapeutically exploited for its ...

履歴

登録	2022年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8flm.cif.gz	482.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8flm.ent.gz	403.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8flm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8flm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8flm_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8flm_validation.xml.gz	48.1 KB	表示
CIF形式データ	8flm_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8flm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8flm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	29282MC 29281C 8flkC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Stimulator of interferon genes protein

B: Stimulator of interferon genes protein

C: Stimulator of interferon genes protein

D: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

#1: タンパク質	Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173 分子量: 39553.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, TMEM173 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物	ChemComp-Y6H / 4-({[4-(2-tert-butyl-5,5-dimethyl-1,3-dioxan-2-yl)phenyl]methyl}amino)-3-methoxybenzoic acid 分子量: 427.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP 分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-9IM / 1-[(2-chloro-6-fluorophenyl)methyl]-3,3-dimethyl-2-oxo-N-[(2,4,6-trifluorophenyl)methyl]-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxamide 分子量: 490.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₉ClF₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: STING tetramer / タイプ: COMPLEX 詳細: STING tetramer, which can further assemblies into larger oligomers, induced by cGAMP, NVS-STG2 and C53 Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.3 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292483 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	10446
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.657	14216
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.363	1448
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.035	1582
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1786

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関連情報:EMDBヘッダ

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