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- PDB-8fl7: Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J2) -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8fl7
タイトルHuman nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J2)
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 2
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • GTP-binding protein 4
  • MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
  • Nucleolar GTP-binding protein 2
  • Pescadillo homolog
  • Probable ribosome biogenesis protein RLP24
  • Protein LLP homolog
  • Zinc finger protein 593
  • mRNA turnover protein 4 homolog
キーワードRIBOSOME / Pre-60S ribosomal subunit / Assembly intermediate / Nucleoprotein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nucleoplasm / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of RIG-I signaling pathway / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / : / dendrite extension / preribosome binding / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process ...protein localization to nucleoplasm / negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of RIG-I signaling pathway / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / : / dendrite extension / preribosome binding / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / PeBoW complex / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / blastocyst formation / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / axial mesoderm development / protein localization to nucleolus / ribosomal protein import into nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / 90S preribosome assembly / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / GAIT complex / A band / TORC2 complex binding / alpha-beta T cell differentiation / G1 to G0 transition / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / middle ear morphogenesis / regulation of glycolytic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / translation at presynapse / regulation of aerobic respiration / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine development / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / homeostatic process / response to aldosterone / rRNA metabolic process / negative regulation of DNA replication / macrophage chemotaxis / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / lung morphogenesis / ribosomal large subunit binding / Protein hydroxylation / rRNA transcription / regulation of protein phosphorylation / preribosome, large subunit precursor / Peptide chain elongation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / blastocyst development / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of protein-containing complex assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosomal subunit export from nucleus / protein targeting / ribonucleoprotein complex binding / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / rough endoplasmic reticulum / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / negative regulation of protein ubiquitination / embryo implantation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to interleukin-4 / ossification / innate immune response in mucosa / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis
類似検索 - 分子機能
MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein, FHA Ki67 binding / FHA Ki67 binding domain of hNIFK / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Learning associated protein 18-like / LLP homolog / : / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain ...MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein, FHA Ki67 binding / FHA Ki67 binding domain of hNIFK / Ribosome biogenesis protein Nop53/GLTSCR2 / Nop53 (60S ribosomal biogenesis) / Learning associated protein 18-like / LLP homolog / : / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / : / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / : / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / : / BRCT domain / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / GTP binding domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / breast cancer carboxy-terminal domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / BRCT domain profile. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / BRCT domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L36a ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L36a / Zinc finger protein 593 / Pescadillo homolog / Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / Ribosomal protein uL30-like / Protein LLP homolog / MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / GTP-binding protein 4 / Ribosome biogenesis protein NOP53 / Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / mRNA turnover protein 4 homolog / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / Klinge, S.
資金援助European Union, 米国, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 711-2019European Union
The G. Harold and Leila Y. Mathers FoundationMF-2104-01554 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Principles of human pre-60 biogenesis.
著者: Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge /
要旨: During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an ...During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an unknown mechanism. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of human nucleolar and nuclear pre-60 assembly intermediates at resolutions of 2.5 to 3.2 angstroms. These structures show how protein interaction hubs tether assembly factor complexes to nucleolar particles and how guanosine triphosphatases and adenosine triphosphatase couple irreversible nucleotide hydrolysis steps to the installation of functional centers. Nuclear stages highlight how a conserved RNA-processing complex, the rixosome, couples large-scale RNA conformational changes with pre-ribosomal RNA processing by the RNA degradation machinery. Our ensemble of human pre-60 particles provides a rich foundation with which to elucidate the molecular principles of ribosome formation.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BA: 60S ribosomal protein L12
L1: 5.8S rRNA
L3: 28S rRNA
L4: 5S rRNA
L5: 60S ribosomal protein L11
L6: 60S ribosomal protein L13
L7: 60S ribosomal protein L13a
L8: 60S ribosomal protein L14
L9: 60S ribosomal protein L15
LA: 60S ribosomal protein L17
LB: 60S ribosomal protein L18
LC: 60S ribosomal protein L18a
LD: 60S ribosomal protein L19
LE: 60S ribosomal protein L21
LF: 60S ribosomal protein L22
LG: 60S ribosomal protein L23
LH: 60S ribosomal protein L23a
LI: 60S ribosomal protein L26
LJ: 60S ribosomal protein L27
LK: 60S ribosomal protein L27a
LL: 60S ribosomal protein L28
LM: 60S ribosomal protein L29
LN: 60S ribosomal protein L3
LO: 60S ribosomal protein L30
LP: 60S ribosomal protein L31
LQ: 60S ribosomal protein L32
LR: 60S ribosomal protein L34
LS: 60S ribosomal protein L35
LT: 60S ribosomal protein L35a
LU: 60S ribosomal protein L36
LV: 60S ribosomal protein L36a
LW: 60S ribosomal protein L37
LX: 60S ribosomal protein L37a
LY: 60S ribosomal protein L38
LZ: 60S ribosomal protein L39
NC: Nucleolar GTP-binding protein 2
NF: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
NK: Protein LLP homolog
NL: Ribosome biogenesis protein NOP53
NP: Zinc finger protein 593
SA: 60S ribosomal protein L4
SB: 60S ribosomal protein L5
SC: 60S ribosomal protein L6
SD: 60S ribosomal protein L7
SE: 60S ribosomal protein L7a
SF: 60S ribosomal protein L8
SG: 60S ribosomal protein L9
SH: MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
SI: 60S ribosomal protein L7-like 1
SK: Eukaryotic translation initiation factor 6
SM: Pescadillo homolog
SQ: mRNA turnover protein 4 homolog
SR: GTP-binding protein 4
SV: Probable ribosome biogenesis protein RLP24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,998,517150
ポリマ－2,995,50354
非ポリマー3,01496
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 BAL5L6L7L8L9LALBLCLDLELFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLX...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P30050
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62913
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P26373
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P40429
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P50914
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61313
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18621
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q07020
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q02543
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P84098
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46778
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P35268
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62829
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62750
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61254
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61353
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46776
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46779
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P47914
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46224.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P39023
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62888
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62899
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62910
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P49207
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P42766
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18077
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: J3KQN4
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61927
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P61513
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P63173
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62891
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P36578
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P46777
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q02878
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P18124
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62424
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P62917
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P32969
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L7-like 1 / Large ribosomal subunit protein uL30-like 1


分子量: 29730.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q6DKI1

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RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L3L4

#2: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50463.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 555853
#3: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1641203.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 86475748
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: GenBank: 23898

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タンパク質 , 9種, 9分子 NCNKNPSHSKSMSQSRSV

#36: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2 / Autoantigen NGP-1


分子量: 83796.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q13823
#38: タンパク質 Protein LLP homolog / Protein LAPS18-like


分子量: 15268.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BRT6
#40: タンパク質 Zinc finger protein 593 / Zinc finger protein T86


分子量: 15230.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O00488
#48: タンパク質 MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein / Nucleolar phosphoprotein Nopp34 / Nucleolar protein interacting with the FHA domain of pKI-67 / hNIFK


分子量: 34285.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BYG3
#50: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: P56537
#51: タンパク質 Pescadillo homolog


分子量: 68114.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O00541
#52: タンパク質 mRNA turnover protein 4 homolog / Ribosome assembly factor MRTO4


分子量: 27602.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9UKD2
#53: タンパク質 GTP-binding protein 4 / Chronic renal failure gene protein / GTP-binding protein NGB / Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9BZE4
#54: タンパク質 Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal L24 domain-containing protein 1 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9UHA3

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Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 NFNL

#37: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog / Hairy cell leukemia protein 1 / TGF-beta-inducible nuclear protein 1


分子量: 30136.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: O95478
#39: タンパク質 Ribosome biogenesis protein NOP53 / Glioma tumor suppressor candidate region gene 2 protein / Protein interacting with carboxyl ...Glioma tumor suppressor candidate region gene 2 protein / Protein interacting with carboxyl terminus 1 / PICT-1 / p60


分子量: 54498.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293F / 参照: UniProt: Q9NZM5

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非ポリマー , 4種, 96分子

#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#58: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J2) / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K
詳細: Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 172699
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
9PHENIX1.19.1モデル精密化phenix.real_space_refine
10RELION4初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12RELION4分類
13cryoSPARC3.3.2分類
14cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 15679142
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74556 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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