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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fkw | |||||||||
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タイトル | Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D2) | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / Pre-60S ribosomal subunit / Assembly intermediate / Nucleoprotein complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA 2'-O-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / dendrite extension / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity ...RNA 2'-O-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / dendrite extension / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / preribosome binding / regulation of cellular senescence / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / RNA methylation / regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of protein sumoylation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / stem cell division / PeBoW complex / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / positive regulation of telomere maintenance / ribosomal protein import into nucleus / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / rRNA base methylation / blastocyst formation / protein localization to nucleolus / TORC2 complex binding / negative regulation of B cell apoptotic process / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / GAIT complex / rRNA methylation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA modification in the nucleus and cytosol / regulation of glycolytic process / A band / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / preribosome, small subunit precursor / mitotic metaphase chromosome alignment / stem cell population maintenance / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / rRNA metabolic process / G1 to G0 transition / negative regulation of cell-cell adhesion / homeostatic process / positive regulation of dendritic spine development / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of DNA replication / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / fat cell differentiation / Protein hydroxylation / ribosomal large subunit binding / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / rRNA transcription / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development / preribosome, large subunit precursor / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / DNA replication initiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / estrogen receptor signaling pathway / nucleosome binding / cellular response to interleukin-4 / hematopoietic progenitor cell differentiation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal subunit export from nucleus / cellular response to actinomycin D / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cytosolic ribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Vanden Broeck, A. / Klinge, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Principles of human pre-60 biogenesis. 著者: Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge / ![]() 要旨: During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an ...During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an unknown mechanism. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of human nucleolar and nuclear pre-60 assembly intermediates at resolutions of 2.5 to 3.2 angstroms. These structures show how protein interaction hubs tether assembly factor complexes to nucleolar particles and how guanosine triphosphatases and adenosine triphosphatase couple irreversible nucleotide hydrolysis steps to the installation of functional centers. Nuclear stages highlight how a conserved RNA-processing complex, the rixosome, couples large-scale RNA conformational changes with pre-ribosomal RNA processing by the RNA degradation machinery. Our ensemble of human pre-60 particles provides a rich foundation with which to elucidate the molecular principles of ribosome formation. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29259MC ![]() 8fkpC ![]() 8fkqC ![]() 8fkrC ![]() 8fksC ![]() 8fktC ![]() 8fkuC ![]() 8fkvC ![]() 8fkxC ![]() 8fkyC ![]() 8fkzC ![]() 8fl0C ![]() 8fl2C ![]() 8fl3C ![]() 8fl4C ![]() 8fl6C ![]() 8fl7C ![]() 8fl9C ![]() 8flaC ![]() 8flbC ![]() 8flcC ![]() 8fldC ![]() 8fleC ![]() 8flfC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+60S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 BABBL6L7L8L9LALBLCLELGLHLILKLLLNLPLQLSLTLULWSASCSDSESGSI
-RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2L3
#3: RNA鎖 | 分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 376425.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 NASU
#26: タンパク質 | 分子量: 85028.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#49: タンパク質 | 分子量: 92709.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 15種, 15分子 NBNHNKSHSJSKSLSMSNSQSRSTSVSYSZ
#27: タンパク質 | 分子量: 62098.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#29: タンパク質 | 分子量: 20491.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 15268.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 34285.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 96726.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q8IY81, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
#40: タンパク質 | 分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 55089.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 68114.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 34925.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 27602.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 41278.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 89441.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P46087, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
#53: タンパク質 | 分子量: 21234.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 NFSOSS
#28: タンパク質 | 分子量: 30136.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#44: タンパク質 | 分子量: 41483.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 83901.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-ATP-dependent RNA helicase ... , 2種, 2分子 NISW
#30: タンパク質 | 分子量: 98769.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#51: タンパク質 | 分子量: 75526.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 64分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
#54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | #56: 化合物 | ChemComp-ADP / | #57: 化合物 | ChemComp-GDP / | #58: 化合物 | ChemComp-K / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D2) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 172699 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15679142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214795 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |