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- PDB-8fja: CryoEM structure of HLA-A2 MAGEA4 (230-239) in complex with REGN6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fja
タイトルCryoEM structure of HLA-A2 MAGEA4 (230-239) in complex with REGN6972 Fab
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Melanoma-associated antigen 4 peptide
  • REGN6972 Fab heavy chain
  • REGN6972 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of cell cycle / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of cell cycle / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / histone deacetylase binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen ...Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma-associated antigen 4 / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saotome, K. / Franklin, M.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: CAR T cells based on fully human T cell receptor-mimetic antibodies exhibit potent antitumor activity in vivo.
著者: Robert Salzler / David J DiLillo / Kei Saotome / Kevin Bray / Katja Mohrs / Haun Hwang / Kamil J Cygan / Darshit Shah / Anna Rye-Weller / Kunal Kundu / Ashok Badithe / Xiaoqin Zhang / Elena ...著者: Robert Salzler / David J DiLillo / Kei Saotome / Kevin Bray / Katja Mohrs / Haun Hwang / Kamil J Cygan / Darshit Shah / Anna Rye-Weller / Kunal Kundu / Ashok Badithe / Xiaoqin Zhang / Elena Garnova / Marcela Torres / Ankur Dhanik / Robert Babb / Frank J Delfino / Courtney Thwaites / Drew Dudgeon / Michael J Moore / Thomas Craig Meagher / Corinne E Decker / Tomasz Owczarek / John A Gleason / Xiaoran Yang / David Suh / Wen-Yi Lee / Richard Welsh / Douglas MacDonald / Johanna Hansen / Chunguang Guo / Jessica R Kirshner / Gavin Thurston / Tammy Huang / Matthew C Franklin / George D Yancopoulos / John C Lin / Lynn E Macdonald / Andrew J Murphy / Gang Chen / Olav Olsen / William C Olson /
要旨: Monoclonal antibody therapies have transformed the lives of patients across a diverse range of diseases. However, antibodies can usually only access extracellular proteins, including the ...Monoclonal antibody therapies have transformed the lives of patients across a diverse range of diseases. However, antibodies can usually only access extracellular proteins, including the extracellular portions of membrane proteins that are expressed on the cell surface. In contrast, T cell receptors (TCRs) survey the entire cellular proteome when processed and presented as peptides in association with human leukocyte antigen (pHLA complexes). Antibodies that mimic TCRs by recognizing pHLA complexes have the potential to extend the reach of antibodies to this larger pool of targets and provide increased binding affinity and specificity. A major challenge in developing TCR mimetic (TCRm) antibodies is the limited sequence differences between the target pHLA complex relative to the large global repertoire of pHLA complexes. Here, we provide a comprehensive strategy for generating fully human TCRm antibodies across multiple HLA alleles, beginning with pHLA target discovery and validation and culminating in the engineering of TCRm-based chimeric antigen receptor T cells with potent antitumor activity. By incorporating mass spectrometry, bioinformatic predictions, HLA-humanized mice, antibody screening, and cryo-electron microscopy, we have established a pipeline to identify additional pHLA complex-specific antibodies with therapeutic potential.
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: REGN6972 Fab light chain
E: REGN6972 Fab heavy chain
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Melanoma-associated antigen 4 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7895
ポリマ－93,7895
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 REGN6972 Fab light chain


分子量: 23420.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 REGN6972 Fab heavy chain


分子量: 25272.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32082.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A*02:01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#5: タンパク質・ペプチド Melanoma-associated antigen 4 peptide / Cancer/testis antigen 1.4 / CT1.4 / MAGE-4 antigen / MAGE-41 antigen / MAGE-X2 antigen


分子量: 1134.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43358
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HLA-A2 MAGEA4 (230-239) in complex with REGN6972 Fab and 2M2 FabCOMPLEXall0RECOMBINANT
2REGN6972 Fab light chain, REGN6972 Fab heavy chainCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3MHC class I antigen, Beta-2-microglobulinCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
4Melanoma-associated antigen 4 peptideCOMPLEX#51SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117411 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 102.41 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0076580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84138933
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0512957
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00621157
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8651890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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