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- PDB-8fj3: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fj3
タイトルCrystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL7(Y13A)
要素
  • C-C motif chemokine 7
  • Evasin P1243
キーワードCYTOKINE / Evasin / Chemokine-binding protein / ticks
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol ...negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / monocyte chemotaxis / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Evasins Class A / Evasins Class A / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
Evasin P1243 / C-C motif chemokine 7
類似検索 - 構成要素
生物種Amblyomma americanum (ダニ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1140867 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Engineering broad-spectrum inhibitors of inflammatory chemokines from subclass A3 tick evasins.
著者: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Pokhrel, R. / Jiao, W. / Perry, A. / Panjikar, S. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Bhusal, R.P. / Stone, M.J.
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin P1243
B: C-C motif chemokine 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9972
ポリマ－19,9972
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.272, 72.272, 65.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Evasin P1243


分子量: 11114.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma americanum (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C9S461
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 7 / Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small- ...Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small-inducible cytokine A7


分子量: 8882.387 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y13A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80098
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M NH2SO4, 0.1 Na acetate, pH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→48.55 Å / Num. obs: 11114 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.5 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / Num. unique obs: 846 / CC1/2: 0.803

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→40.3 Å / SU ML: 0.1557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 564 5.09 %
Rwork0.2135 10506 -
obs0.2143 11070 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→40.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 0 78 1160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67541504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0934177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9878156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.280.25841410.22662540X-RAY DIFFRACTION99.48
2.28-2.610.25671510.22832573X-RAY DIFFRACTION100
2.61-3.280.23061300.2222634X-RAY DIFFRACTION99.96
3.28-40.30.21191420.2022759X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.898787735573.41100912318-2.760529987984.67007524931-1.655581529655.18205565181-0.2222705087860.642323701255-0.109093832787-0.03126043939810.311203531067-0.07709362176890.337707389321-0.168135807252-0.114000201840.2156314336450.0349293841524-0.01437112921690.17032951859-0.02068278777630.174105468846-27.426887794-10.3973478606-3.49880996709
25.57304122031-1.390927185252.442025933680.470403191987-0.05344018061014.04172216372-0.00883985060277-0.223418129716-0.244387097546-0.4368128938790.4793686387050.4598072637270.561192464657-0.644624820134-0.4477770731240.318235140862-0.070199841209-0.1171002763260.3113522040460.07101422224450.214768391324-36.566999931-6.62573204084-6.24328942785
31.71396158785-0.0188942277067-0.781332912662.64553301115-0.9860576377093.583427003910.01012537468090.1433807511180.02025122227580.0514929159010.2809127110210.2321306230430.105001995477-0.630669657394-0.2164651072390.216901044396-0.0212417449065-0.0269295562990.2661884616940.02112544007950.199986829377-33.6774657251-4.26712360059-3.17497138046
45.93429001958-1.677938448332.238635564534.25737298915-1.207053619323.544849856240.00883021148920.4841676078530.519440811636-0.0873021539185-0.291126760747-0.305546023027-0.2973929584320.6629521565650.275216921150.249844324413-0.01532254812210.04496516174120.3822428568280.01489660302410.281467641688-21.2783520084-2.42906278606-15.5766494449
59.9476529688-3.73108764122-4.622025789646.19170063781.585981750674.881472261310.172831767444-0.6832188049710.2309933320950.2536425781360.253527474553-0.02653857931220.424924765494-0.226226957011-0.3953361292250.334394798563-0.0416574913423-0.0537276194530.28080997637-0.01180309611890.187529111633-28.6872468721.46550036060.415558543079
65.88759361295-1.79082389506-2.136803793483.060042625371.058793641332.997311272240.123695627680.308113207342-0.1915171820110.0306160221748-0.0757387903419-0.3722418567090.007722486131410.172603633375-0.01724812982430.181237945723-0.0216361035253-0.03374674404270.186216381646-0.01126118516960.21633673384-23.9675213716-1.43562047074-5.05660788837
71.614156496351.72476669871.609434782315.60280489576-0.2007617308622.387264643140.06605882760550.05405919799-0.3291648193830.355856666193-0.0806595300888-0.006381740648840.363975567108-0.2941268878160.04488216898940.316762335682-0.0291374475424-0.05532973906820.2999192711420.001463281783640.255299864124-35.8398982802-16.65230058732.40366522145
82.773575139254.21604910087-1.032890541016.52017359151-0.9963056120626.36535193431-0.411557912849-0.279732566712-0.765263034747-0.39252974227-0.0204353489138-0.1117059496260.6810427510620.09240162793720.3037309989480.334517680407-0.00180204058375-0.02937619759270.3524428719330.0293676548910.729772172306-39.4922642282-28.17707191840.610617341655
98.065466111744.70638625999-0.2306703006844.50576913355-1.020437302711.480716805820.0890266525683-0.0841977036508-0.770434571826-0.28273788666-0.00794265168487-0.3088557382510.0603824627762-0.0240308158784-0.0832458031280.2363297864450.000452021810374-0.06016698398860.1943745955130.01267279522820.268670093467-34.504142176-20.22204007070.367732403963
106.876937462372.924086803563.138673201618.41574752744-1.6504281326.335511794250.74602612575-1.73496969341-0.06144236212251.57506434309-0.932248297344-0.647335855963-0.4743063755990.7658571186930.1325055926970.4225232458-0.0983527962937-0.1434406525360.4737529942270.163862967730.409552520603-35.9155330049-19.74737150726.11389330909
118.01735662841.692410548660.6243887453964.60609617815-1.872548850978.001981447570.50461618449-1.27018641481-1.701701710881.43565997528-1.07548171917-2.169046187770.4615018908791.06148689530.2937492233690.536913633693-0.10460332333-0.1212869107950.6873494310350.3437439218330.868615499988-36.1186283287-30.65859396128.63506040509
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 41 )AA22 - 411 - 20
22chain 'A' and (resid 42 through 48 )AA42 - 4821 - 27
33chain 'A' and (resid 49 through 65 )AA49 - 6528 - 44
44chain 'A' and (resid 66 through 80 )AA66 - 8045 - 59
55chain 'A' and (resid 81 through 86 )AA81 - 8660 - 65
66chain 'A' and (resid 87 through 103 )AA87 - 10366 - 82
77chain 'B' and (resid 7 through 21 )BB7 - 211 - 15
88chain 'B' and (resid 22 through 31 )BB22 - 3116 - 25
99chain 'B' and (resid 32 through 49 )BB32 - 4926 - 43
1010chain 'B' and (resid 50 through 57 )BB50 - 5744 - 51
1111chain 'B' and (resid 58 through 70 )BB58 - 7052 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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