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Yorodumi- PDB-8fj0: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8fj0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed to Human Chemokine CCL2 | ||||||
Components |
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Keywords | CYTOKINE / Tick / Evasin / Chemokine / Anti-inflammatory | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhelper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine binding / astrocyte cell migration / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of glial cell apoptotic process / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to interleukin-1 / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / sensory perception of pain / cytoskeleton organization / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Amblyomma americanum (Lone Star tick) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
| Funding support | Australia, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: Engineering broad-spectrum inhibitors of inflammatory chemokines from subclass A3 tick evasins. Authors: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Pokhrel, R. / Jiao, W. / Perry, A. / Panjikar, S. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Bhusal, R.P. / Stone, M.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 8fj0.cif.gz | 203.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8fj0.ent.gz | 133.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8fj0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8fj0_validation.pdf.gz | 461.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8fj0_full_validation.pdf.gz | 464.8 KB | Display | |
| Data in XML | 8fj0_validation.xml.gz | 16.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 8fj0_validation.cif.gz | 22.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fj0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7scsC ![]() 7sctC ![]() 7scvC ![]() 8fj2C ![]() 8fj3C ![]() 8fk6C ![]() 8fk8C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 11210.546 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: Y44A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amblyomma americanum (Lone Star tick) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 8673.009 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CCL2, MCP1, SCYA2 / Production host: ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.92 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2 M NH4SO4, 0.1 M bis-tris, Ph 5.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 3, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.89→47.11 Å / Num. obs: 14772 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.65 Å2 / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 5.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.89→3.07 Å / Num. unique obs: 2250 / CC1/2: 0.475 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91→43.61 Å / SU ML: 0.4718 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.28 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 62.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→43.61 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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