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- PDB-8fj0: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fj0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed to Human Chemokine CCL2 | ||||||
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![]() | CYTOKINE / Tick / Evasin / Chemokine / Anti-inflammatory | ||||||
Function / homology | ![]() helper T cell extravasation / negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / chemokine binding / negative regulation of glial cell apoptotic process / astrocyte cell migration / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of apoptotic cell clearance ...helper T cell extravasation / negative regulation of chemokine activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / chemokine binding / negative regulation of glial cell apoptotic process / astrocyte cell migration / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of apoptotic cell clearance / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / cellular homeostasis / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / C-C chemokine binding / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / eosinophil chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / humoral immune response / cellular response to interleukin-1 / sensory perception of pain / cytoskeleton organization / viral genome replication / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neutrophil chemotaxis / animal organ morphogenesis / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / chemotaxis / positive regulation of T cell activation / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / protein kinase activity / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein phosphorylation / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Engineering broad-spectrum inhibitors of inflammatory chemokines from subclass A3 tick evasins. Authors: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Pokhrel, R. / Jiao, W. / Perry, A. / Panjikar, S. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Bhusal, R.P. / Stone, M.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7scsC ![]() 7sctC ![]() 7scvC ![]() 8fj2C ![]() 8fj3C ![]() 8fk6C ![]() 8fk8C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 11210.546 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: Y44A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 8673.009 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2 M NH4SO4, 0.1 M bis-tris, Ph 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 3, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.89→47.11 Å / Num. obs: 14772 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.65 Å2 / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.89→3.07 Å / Num. unique obs: 2250 / CC1/2: 0.475 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→43.61 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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