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- PDB-8ffe: Crystal structure of LRP6 E1E2 domains bound to YW210.09 Fab and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ffe
タイトルCrystal structure of LRP6 E1E2 domains bound to YW210.09 Fab and engineered XWnt8 peptide
要素
  • (YW210.09 Fab ...) x 2
  • Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
キーワードSIGNALING PROTEIN/Immune System / WNT / RECEPTOR / LRP5 / LRP6 / LDL RECEPTOR-LIKE PROTEIN / YWTD B-PROPELLER / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / neural crest cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Jude, K.M. / Tsutsumi, N. / Waghray, D. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK115728 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of the Wnt-Frizzled-LRP6 initiation complex reveals the basis for coreceptor discrimination.
著者: Naotaka Tsutsumi / Sunhee Hwang / Deepa Waghray / Simon Hansen / Kevin M Jude / Nan Wang / Yi Miao / Caleb R Glassman / Nathanael A Caveney / Claudia Y Janda / Rami N Hannoush / K Christopher Garcia /
要旨: Wnt morphogens are critical for embryonic development and tissue regeneration. Canonical Wnts form ternary receptor complexes composed of tissue-specific Frizzled (Fzd) receptors together with the ...Wnt morphogens are critical for embryonic development and tissue regeneration. Canonical Wnts form ternary receptor complexes composed of tissue-specific Frizzled (Fzd) receptors together with the shared LRP5/6 coreceptors to initiate β-catenin signaling. The cryo-EM structure of a ternary initiation complex of an affinity-matured XWnt8-Frizzled8-LRP6 complex elucidates the basis of coreceptor discrimination by canonical Wnts by means of their N termini and linker domains that engage the LRP6 E1E2 domain funnels. Chimeric Wnts bearing modular linker "grafts" were able to transfer LRP6 domain specificity between different Wnts and enable non-canonical Wnt5a to signal through the canonical pathway. Synthetic peptides comprising the linker domain serve as Wnt-specific antagonists. The structure of the ternary complex provides a topological blueprint for the orientation and proximity of Frizzled and LRP6 within the Wnt cell surface signalosome.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_detector
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
H: YW210.09 Fab heavy chain with engineered XWnt8 NC peptide and linker
L: YW210.09 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,40017
ポリマ－122,3863
非ポリマー3,01414
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area44440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.212, 91.385, 104.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 69302.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75581

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 YW210.09 Fab heavy chain with engineered XWnt8 NC peptide and linker


分子量: 28657.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: engineered Wnt8 peptide (position 1-18) is originally from Xenopus laevis
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 YW210.09 Fab light chain


分子量: 24426.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 603分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % / 解説: rectangluar prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM SPG (succinate/phosphate/glycine buffer), 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→44.37 Å / Num. obs: 109415 / % possible obs: 90.56 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03889 / Rrim(I) all: 0.1042 / Rsym value: 0.09658 / Net I/σ(I): 10.49
反射 シェル解像度: 1.72→1.781 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 6719 / CC1/2: 0.426 / CC star: 0.773 / Rpim(I) all: 0.8556 / Rrim(I) all: 2.243 / Rsym value: 2.068 / % possible all: 55.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→44.37 Å / SU ML: 0.2478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 5465 5 %
Rwork0.185 103836 -
obs0.1873 109301 90.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→44.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8272 0 199 592 9063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00928713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.973711859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06351354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77913172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.740.50221030.46621892X-RAY DIFFRACTION50.82
1.74-1.760.44980.41072134X-RAY DIFFRACTION54.83
1.76-1.780.44081270.38832269X-RAY DIFFRACTION60.83
1.78-1.80.40961290.35052612X-RAY DIFFRACTION67.38
1.8-1.830.33531520.3032826X-RAY DIFFRACTION74.52
1.83-1.850.37611690.27833281X-RAY DIFFRACTION86.51
1.85-1.880.30281920.25073567X-RAY DIFFRACTION93.93
1.88-1.910.30041920.25233652X-RAY DIFFRACTION95.6
1.91-1.940.3231930.23933687X-RAY DIFFRACTION96.95
1.94-1.970.26821940.21023677X-RAY DIFFRACTION97.33
1.97-20.26661960.19893721X-RAY DIFFRACTION97.29
2-2.040.25731970.20043779X-RAY DIFFRACTION97.45
2.04-2.080.22921930.19773697X-RAY DIFFRACTION97.47
2.08-2.120.26421910.19823704X-RAY DIFFRACTION97.42
2.12-2.170.24851980.20173729X-RAY DIFFRACTION97.3
2.17-2.220.24451940.19253712X-RAY DIFFRACTION97.48
2.22-2.270.26851940.21833691X-RAY DIFFRACTION96.74
2.27-2.330.23881790.20423416X-RAY DIFFRACTION90.21
2.33-2.40.24351960.20643665X-RAY DIFFRACTION95.66
2.4-2.480.31761980.20133757X-RAY DIFFRACTION98.33
2.48-2.570.23991980.19493752X-RAY DIFFRACTION98.21
2.57-2.670.2442020.19533778X-RAY DIFFRACTION98.47
2.67-2.790.25592000.19823732X-RAY DIFFRACTION98.2
2.79-2.940.23982010.2093776X-RAY DIFFRACTION98.39
2.94-3.130.26561940.20313746X-RAY DIFFRACTION97.6
3.13-3.370.23911880.19093537X-RAY DIFFRACTION91.86
3.37-3.70.21691940.17053698X-RAY DIFFRACTION96.74
3.71-4.240.18742000.15163793X-RAY DIFFRACTION98.98
4.24-5.340.16842060.13233829X-RAY DIFFRACTION98.66
5.34-44.370.18481970.15943727X-RAY DIFFRACTION94.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.353775301740.570870098137-0.2227702022073.341087470710.1450524727122.635143673820.0858838781546-0.487440632132-0.05077976762550.525478702034-0.109675069232-0.6915778690970.01172780949620.431646082375-0.08033562093940.329462253126-0.058972893183-0.1136194609630.462806260528-0.01008236532480.34170148366511.6163247333-28.115042899495.2521976211
21.156989393780.372669369602-0.2743703290912.45384665881-0.1439254226231.090503697880.169934425558-0.3542724492930.2786876915150.613659109145-0.03617107513130.0263311328808-0.2016960075320.0974473366431-0.1306271039030.411353003733-0.04476019916130.04763000600050.377900776269-0.04940015849170.221530392974-4.93134615268-23.421186714798.8964403265
31.05832881071-0.0914297848294-0.06200295443220.6701911112270.1816186246160.631252144489-0.02572813977940.0014815982956-0.0615388352466-0.02080581421730.00847478548990.02102536418750.03262724836890.04822458261790.02193134264490.239173100818-0.02376700754790.01134675470620.2052937551020.02442796716170.196827876203-17.7511678131-55.735173152869.3935738914
45.358258102724.97193928527-4.365467720474.80461976094-3.145224393627.84713772396-0.218429266651.059995364470.683876733457-0.7230529922920.4245914366690.00584222830147-0.4609087823370.208981357294-0.01480552579680.388260636822-0.04752271685950.071874200910.3779995982910.08011917299720.432471733308-14.6748730898-41.678975346455.3964256714
55.711817330266.84047910198-4.562511928158.49328607835-5.368891777283.996054728910.264273248246-0.26489982490.4206353117420.3219566334090.0715479825943-0.913905236202-0.4803683549531.01064104242-0.1118469602560.81024978475-0.239938823637-0.0524042298980.7011748125690.1250343875730.984561236815-7.83695017876-37.682148913257.6839079592
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 20:93)AA20 - 931 - 74
22(chain A and resid 94:324)AA94 - 32475 - 305
33(chain A and resid 325:632)AA325 - 632306 - 613
44(chain H and resid 226:234)HR226 - 2341 - 9
55(chain H and resid 235:240)HR235 - 24010 - 15
66(chain H and resid 1000:1006)HR1000 - 100616 - 22
77(chain H and resid 1007:1114)HR1007 - 111423 - 143
88(chain H and resid 1115:1214)HR1115 - 1214144 - 239
99(chain L and resid -2:24)LT-2 - 241 - 27
1010(chain L and resid 25:105)LT25 - 10528 - 108
1111(chain L and resid 106:124)LT106 - 124109 - 127
1212(chain L and resid 125:152)LT125 - 152128 - 155
1313(chain L and resid 153:182)LT153 - 182156 - 185
1414(chain L and resid 183:212)LT183 - 212186 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る