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- PDB-8fah: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fah
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with SARS-CoV-2 reactive human antibody CR3022
要素
  • CR3022 Fab heavy chain
  • CR3022 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral protein / immune system / human antibody / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.22 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Jensen, J.L. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Antibody targeting of conserved sites of vulnerability on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, C. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, C. / Soman, S. / King, J. / Corbitt, C. / Zemil, M. / Peterson, C.E. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Donofrio, G.C. / Lal, K.G. / Tran, U. / Green, E.C. / Smith, C. / de Val, N. / Laing, E.D. / Broder, C.C. / Currier, J.R. / Gromowski, G.D. / Wieczorek, L. / Rolland, M. / Paquin-Proulx, D. / van Dyk, D. / Britton, Z. / Rajan, S. / Loo, Y.M. / McTamney, P.M. / Esser, M.T. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CR3022 Fab heavy chain
L: CR3022 Fab light chain
A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4464
ポリマ－71,0213
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.176, 151.176, 192.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: 抗体 CR3022 Fab heavy chain


分子量: 23668.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CR3022 Fab light chain


分子量: 24278.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23073.766 Da / 分子数: 1 / Fragment: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1M Succinic acid, 0.1M HEPES pH 7.0 and 2% PEG MME2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 13814 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.57
反射 シェル解像度: 4.2→4.35 Å / Num. unique obs: 800 / CC1/2: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.22→48.98 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 824 5 %
Rwork0.2461 --
obs0.2481 11132 53.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.22→48.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4933 0 28 0 4961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.132707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005887
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
4.22-4.490.4439340.3237693
4.49-4.830.3814590.2833109923
4.83-5.320.3284920.2824181837
5.32-6.090.32541690.2842307363
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7891-0.3826-0.0242.6479-1.34563.9817-0.0602-0.24320.4301-1.02470.8648-0.75540.0532-0.53851.7750.52310.05390.110.307-0.18070.3707-64.579-29.0669.656
21.2088-0.4595-2.17520.13180.44162.911-0.48610.2971-0.30020.1657-0.33450.04981.24960.6408-1.6868-0.4777-0.5202-0.02380.3266-0.14510.7422-74.453-24.5422.977
32.07060.07540.4490.41270.67321.13021.05290.35930.62580.1997-0.2292-0.1158-1.24570.43030.08890.9795-0.20410.09840.5718-0.14690.6874-81.922-12.55337.632
40.50580.66710.20341.53060.30670.60690.6052-0.204-0.0327-0.3703-0.5651-0.215-0.6062-0.05070.02631.09610.201-0.10870.84350.30750.9997-56.495-46.00627.788
50.49520.0515-0.56060.19090.02220.69260.112-1.21010.31560.20190.95920.0176-0.49620.69650.14521.01020.4085-0.17770.9864-0.28180.9516-52.999-33.66926.875
61.07071.3411-0.67991.5278-0.78860.5465-0.3136-0.6543-0.3268-0.4938-0.15310.58461.30750.45210.00010.99540.2152-0.21120.82530.01350.8631-58.568-39.40130.949
70.70170.3201-0.7840.5229-0.39381.23270.6311-0.7272-0.4030.3771-0.45370.1951-0.19070.42120.00110.882-0.2081-0.09280.6321-0.12720.774-84.991-26.24543.357
80.45240.4487-0.12070.7675-0.65760.9860.2640.29130.20420.0117-0.7211-0.22890.17080.115-0.27820.44820.35470.23050.2041-0.19950.8853-92.233-26.97846.907
90.4414-0.2982-0.27230.41610.03420.2310.50040.5790.587-0.1678-0.0373-0.25850.7185-0.5217-0.00021.2031-0.13820.3381.1294-0.10691.1492-31.293-37.103-1.627
101.0149-0.2034-0.0719-0.0091-0.0212-0.0023-0.308-0.219-0.4605-0.18470.73840.0393-0.8745-0.5608-0.00011.0675-0.0657-0.13930.9948-0.17571.082-41.922-36.3834.166
110.62210.48550.32060.5101-0.00950.38730.3508-0.36020.17750.2823-0.82910.4326-0.07710.29850.00021.2261-0.1377-0.010.7979-0.16630.8632-43.42-41.012-10.502
120.00270.009-0.005-0.00360.0080.01530.4083-0.8925-1.0402-0.22990.3074-0.08790.39940.62410.00111.4408-0.08850.11711.2542-0.00910.7859-40.003-52.366-7.353
131.8420.51080.75421.34660.41870.7592-0.63250.18360.5675-0.7908-0.03740.56080.2329-0.1691-0.41832.12970.3239-0.01580.6019-0.62510.7325-44.176-56.161-25.302
140.91020.6105-0.14810.9394-0.58680.4854-0.4322-0.2538-0.35270.2754-0.4377-0.9217-0.5666-0.4795-0.24131.14490.15630.03490.6585-0.38951.0139-43.879-34.181-10.168
150.20370.1523-0.06460.1222-0.04070.01161.1193-0.4593-0.05470.90970.60840.1510.15131.1888-0.00041.43970.0650.07781.97960.16391.5096-32.013-41.32218.375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:79 )H1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 80:136 )H80 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 137:217 )H137 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 1:38 )L1 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 39:67 )L39 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 68:116 )L68 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN L AND RESID 117:178 )L117 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID 179:213 )L179 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 332:358 )A332 - 358
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 359:416 )A359 - 416
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 417:459 )A417 - 459
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 460:469 )A460 - 469
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 470:494 )A470 - 494
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 495:516 )A495 - 516
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 517:532 )A517 - 532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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