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Yorodumi- PDB-7u8e: Crystal structure of antibody Ab246 in complex with SARS-CoV-2 re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u8e | ||||||
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Title | Crystal structure of antibody Ab246 in complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / Ab246 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2024 Title: Antibody targeting of conserved sites of vulnerability on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain. Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, ...Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Chen, W.H. / Bai, H. / Martinez, E.J. / Jensen, J.L. / Rees, P.A. / Hajduczki, A. / Chang, W.C. / Choe, M. / Yan, L. / Sterling, S.L. / Swafford, I. / Kuklis, C. / Soman, S. / King, J. / Corbitt, C. / Zemil, M. / Peterson, C.E. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Donofrio, G.C. / Lal, K.G. / Tran, U. / Green, E.C. / Smith, C. / de Val, N. / Laing, E.D. / Broder, C.C. / Currier, J.R. / Gromowski, G.D. / Wieczorek, L. / Rolland, M. / Paquin-Proulx, D. / van Dyk, D. / Britton, Z. / Rajan, S. / Loo, Y.M. / McTamney, P.M. / Esser, M.T. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u8e.cif.gz | 266.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u8e.ent.gz | 212.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u8e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u8e_validation.pdf.gz | 489.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u8e_full_validation.pdf.gz | 507 KB | Display | |
Data in XML | 7u8e_validation.xml.gz | 28.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7u8e_validation.cif.gz | 39.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/7u8e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8fahC 8sguC 8smiC 8smtC 6h0eS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 24152.074 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: fragment antigen-binding (Fab) heavy chain / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#3: Antibody | Mass: 23628.334 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: fragment antigen-binding (Fab) light chain / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 23073.766 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: receptor binding domain (RBD) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Viral protein Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 207 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.6 Details: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→50 Å / Num. obs: 33571 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.02 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.148 / Rsym value: 0.124 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 9.78 / Net I/σ(I): 9.78 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.38 Å / Num. unique obs: 3156 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6H0E Resolution: 2.29→19.899 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.62 Å2 / Biso mean: 44.9468 Å2 / Biso min: 11.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.29→19.899 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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