PDB-8f9t: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9t

タイトル

Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP peptide

要素

Circumsporozoite protein NPDP peptide
Ky15.2 Antibody, heavy chain
Ky15.2 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8f9t.ent.gz	303.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8f9t_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9t_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	8f9t_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	8f9t_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC 6d01S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NPDP peptide

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

98.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.226, 88.672, 113.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.204, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	Ky15.2 Antibody, heavy chain 分子量: 24137.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.2 Antibody, light chain 分子量: 23366.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NPDP peptide / CS 分子量: 1659.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 20% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 76702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 3546 / CC_1/2: 0.593

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6D01

6d01

解像度: 1.85→30.31 Å / SU ML: 0.2567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8542
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	2002	2.61 %
R_work	0.172	74671	-
obs	0.1731	76673	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6805	0	12	624	7441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	7168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9783	9814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0599	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9883	2602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3618	139	0.2947	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.95	0.3068	145	0.2587	5300	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-2	0.298	142	0.2372	5362	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2-2.07	0.2814	146	0.2259	5262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.14	0.296	144	0.2076	5328	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.14-2.23	0.2774	144	0.1956	5339	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.23-2.33	0.2179	142	0.1926	5343	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.33-2.45	0.254	144	0.1918	5306	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.61	0.3017	141	0.1929	5330	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.81	0.2515	142	0.1927	5314	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-3.09	0.2485	144	0.183	5362	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.09-3.54	0.2017	145	0.1613	5351	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.54-4.45	0.1616	140	0.1355	5349	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.46-30.31	0.1548	144	0.1386	5456	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.59433727939	1.72631462167	-3.46329613879	1.45175416293	-1.87053961568	5.0619544974	0.197824037213	-0.470349397789	0.0412817435809	-0.0588167134535	-0.120701174145	-0.133472060884	-0.264830824156	0.815918725535	-0.144367445693	0.255895890904	0.0210999826003	0.00662431876891	0.408314850616	-0.0220245836629	0.274437286325	28.695	-21.893	11.295
2	1.35285494134	1.97227860784	-0.638191058251	7.39480496276	-0.842026876991	1.90015919915	0.0238285055487	-0.0933297885767	-0.0500079433048	-0.0411147049715	-0.0430855798682	-0.083771443878	0.0993260135834	-0.0318542074277	0.0189905560751	0.14488878906	0.0373763489876	-0.0233384637804	0.231489313693	0.0203446412661	0.206256212039	9.241	-44.379	31.631
3	2.8892649155	3.15884695217	-0.9620799424	5.42331078279	-1.50566530518	2.12283078939	-0.232227434406	0.220450688575	-0.130593062974	-0.337657179034	0.181704733923	-0.0457028427139	0.217301783646	-0.0294319340842	0.0498220995893	0.363223395073	0.0431721686063	-0.00913714913412	0.275771672702	-0.0128739383169	0.169900500464	18.464	-34.252	-4.098
4	1.85624376199	-0.360719321136	-1.53839785706	1.75684999915	1.30721806262	3.82702336208	0.0491178349568	0.133945113976	0.111924969208	-0.0819154144457	-0.0478729245097	0.121510502652	0.0177308832282	-0.551932709186	0.0254369653284	0.193618143492	0.0275453196098	-0.0426720247094	0.365719915217	0.060307834652	0.252888421694	-3.621	-41.344	23.455
5	1.11745602182	0.401391313163	-0.912730569494	0.480264273374	-0.781551781274	3.48379241401	-0.0149247705643	0.0387717861349	0.0426978596257	-0.159729456463	0.0025266676139	-0.0755982093088	0.1861723986	0.0113938481832	0.0136998424516	0.24649140469	0.0221499663652	0.00952804732797	0.136331657713	-0.0118009844051	0.225586262342	1.659	-15.756	55.744
6	2.62445321793	-1.5040506684	-0.0493296282383	2.7592926346	-1.09647515513	2.13835502301	0.0709734209808	0.317673502042	0.565261225614	0.37569419425	-0.127557982357	-0.315802688891	-0.733590911106	0.140783320862	0.0872006295876	0.547288958212	-0.049749528392	-0.0159821559412	0.273263957695	0.042112460392	0.341082332858	11.336	6.19	29.46
7	1.56462192998	-0.541127118914	0.361731564715	3.56006230077	-1.69865404867	2.63248333245	-0.0253249684879	-0.0161713072573	0.0277448789598	-0.144500650068	0.0789583685412	0.171299340886	-0.08325999825	-0.18090353176	-0.0481037494132	0.182205289513	-0.00375849971405	-0.034259853578	0.158804108289	-0.0243263127134	0.224399717816	-16.834	-3.409	53.498
8	3.72630939541	-0.938173229038	-1.37328903697	1.3738006771	0.25788022633	5.23889655353	0.255910721257	0.582263358336	-0.27742890489	-0.209171595917	-0.136792281356	0.0270698149043	0.0187615628339	0.256961378178	-0.0669063776849	0.367219483235	0.0718433269903	-0.0451449635442	0.35427224066	-0.063094556674	0.247887063665	-2.09	3.102	21.243
9	3.59137072293	-2.34481368377	1.43680013946	5.91639829736	-0.601200615476	6.56554968691	0.294056658445	1.11579198997	0.535374445958	-1.3363431216	-0.179236302372	-0.874434094016	-0.585080135941	0.492944844688	-0.0840526469536	0.543279231815	-0.0716985411217	0.149896647608	0.375567270878	0.00285952796751	0.313399045469	34.808	-16.606	-5.202
10	9.84988804739	4.77759059516	5.94143505466	2.33423203405	2.87787036924	3.64484000834	0.161540561925	-0.909572594112	0.247186143082	0.508115869122	-0.404776614851	0.341713287916	0.724881433057	-0.526457904909	0.109992353332	0.269415941119	-0.0219995878956	0.00509363834992	0.293513160732	0.0333286361156	0.235697492805	-9.725	-20.081	69.37

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:123 )	A	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 124:216 )	A	124 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN H AND RESID 1:123 )	H	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 124:216 )	H	124 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 1:11 )	C	1 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN P AND RESID 2:11 )	P	2 - 11

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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