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- PDB-8f95: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f95 | ||||||
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Title | Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein DND peptide | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thai, E. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein. Authors: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / ...Authors: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, R.H.C. / Bolscher, J.M. / de Bruijni, M.H.C. / Sauerwein, R. / Dennison, S.M. / Tomaras, G.D. / Zavala, F. / Kellam, P. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 429.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 292.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8f9eC ![]() 8f9fC ![]() 8f9sC ![]() 8f9tC ![]() 8f9uC ![]() 8f9vC ![]() 8f9wC ![]() 8fa6C ![]() 8fa7C ![]() 8fa8C ![]() 8fa9C ![]() 8fanC ![]() 8fasC ![]() 8fatC ![]() 8fb5C ![]() 8fb6C ![]() 8fb7C ![]() 8fb8C ![]() 8fbaC ![]() 8fdcC ![]() 8fddC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24137.158 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23366.986 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1265.286 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P08307 #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 6, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033192 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→40 Å / Num. obs: 34421 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 1586 / CC1/2: 0.744 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→38.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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