PDB-8f6m: Complex of Rabbit muscle pyruvate kinase with ADP and the phospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f6m

タイトル

Complex of Rabbit muscle pyruvate kinase with ADP and the phosphonate analogue of PEP mimicking the Michaelis complex.

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / glycolysis / metabolic kinase / central metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytoplasmic translation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Holyoak, T. / Fenton, A.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Database (Oxford) / 年: 2023
タイトル: PYK-SubstitutionOME: an integrated database containing allosteric coupling, ligand affinity and mutational, structural, pathological, bioinformatic and computational information about ...
著者: Swint-Kruse, L. / Dougherty, L.L. / Page, B. / Wu, T. / O'Neil, P.T. / Prasannan, C.B. / Timmons, C. / Tang, Q. / Parente, D.J. / Sreenivasan, S. / Holyoak, T. / Fenton, A.W.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f6m.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f6m.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f6m_validation.pdf.gz	9.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f6m_full_validation.pdf.gz	9.3 MB	表示
XML形式データ	8f6m_validation.xml.gz	174.4 KB	表示
CIF形式データ	8f6m_validation.cif.gz	252.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f5tC 8f5uC 2g50S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

473 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

E: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.026, 216.396, 258.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Tyrosine-protein kinase PKM2 分子量: 58114.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 8種, 2960分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-GZ3 / (E)-2-METHYL-3-PHOSPHONOACRYLATE / 2-メチル-3-ホスホノアクリル酸分子量: 166.069 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15 mM succinate, 50 mM KCl, 19 to 24% PEG 8,000 well solution

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 545313 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 2026691

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.23	3.7	0.583	54585	1.134	1	100
2.23-2.32	3.7	0.47	54559	1.172	1	100
2.32-2.42	3.7	0.386	54478	1.086	1	100
2.42-2.55	3.7	0.319	54503	1.066	1	100
2.55-2.71	3.7	0.245	54557	1.031	1	100
2.71-2.92	3.7	0.182	54512	1.066	1	100
2.92-3.21	3.8	0.125	54598	1.049	1	100
3.21-3.68	3.8	0.082	54481	1.009	1	100
3.68-4.63	3.8	0.068	54582	1.112	1	100
4.63-100	3.7	0.046	54458	1.106	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G50

2g50

解像度: 2.15→46.02 Å / SU ML: 0.2071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4323
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	14171	5.05 %
R_work	0.1559	266503	-
obs	0.1584	280674	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31753	0	498	2882	35133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	32878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	44361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0653	5051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0102	5737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.6079	4676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.18	0.2645	477	0.1983	8525	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.18-2.2	0.2601	486	0.1903	8803	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.2-2.23	0.2469	519	0.1824	8758	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.23-2.26	0.2432	466	0.1839	8790	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.26-2.29	0.226	500	0.1752	8815	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.29-2.32	0.2365	456	0.17	8808	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.32-2.35	0.2287	459	0.1692	8835	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.35-2.39	0.2447	460	0.1713	8855	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.39-2.42	0.246	484	0.1719	8757	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.42-2.46	0.2444	461	0.1672	8858	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.46-2.51	0.2221	502	0.1617	8819	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.51-2.55	0.2205	464	0.1631	8795	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.55-2.6	0.2303	487	0.157	8824	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.6-2.65	0.2122	482	0.1528	8882	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.65-2.71	0.2193	453	0.1565	8835	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.71-2.77	0.2157	469	0.1567	8865	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.77-2.84	0.2158	470	0.155	8833	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.84-2.92	0.2115	462	0.1537	8892	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.92-3.01	0.2191	472	0.149	8894	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.01-3.1	0.2019	433	0.1494	8943	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.1-3.21	0.2005	460	0.1471	8874	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.21-3.34	0.1912	476	0.1504	8873	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.34-3.5	0.1818	455	0.144	8929	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.5-3.68	0.205	465	0.1454	8950	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.68-3.91	0.1908	476	0.1422	8948	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.91-4.21	0.1649	473	0.1369	8979	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.21-4.64	0.1515	455	0.1303	9001	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.64-5.31	0.1855	492	0.1526	9018	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.31-6.68	0.2222	464	0.184	9142	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.68-46.02	0.1813	493	0.1637	9403	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -68.880740931 Å / Origin y: 8.69493851476 Å / Origin z: 71.2736044974 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.150351848485 Å²	0.0110577271136 Å²	-0.0293890501183 Å²	-	0.166785603689 Å²	0.00509971061099 Å²	-	-	0.185253342871 Å²
L	0.0529881839073 °²	0.0208344203609 °²	-0.0303567776502 °²	-	0.0668008553849 °²	-0.0454466772042 °²	-	-	0.130150644923 °²
S	0.00718167619503 Å °	-0.00893411178208 Å °	0.00381952026185 Å °	0.00623138258176 Å °	-0.0137936341631 Å °	-0.0102758159855 Å °	-0.0125870846165 Å °	0.0200285555363 Å °	0.00712844885432 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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