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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f6l | ||||||
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タイトル | anti-BTLA monoclonal antibody h25F7 in complex with BTLA | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / signaling receptor activity / adaptive immune response / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hendle, J. / Atwell, S. / Lieu, R. / Hickey, M. / Weichert, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Epitope topography of agonist antibodies to the checkpoint inhibitory receptor BTLA. 著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / ...著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / Weichert, K. / Ware, C.F. / Vendel, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f6l.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f6l.ent.gz | 96.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f6l_validation.pdf.gz | 435.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f6l_full_validation.pdf.gz | 435.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8f6l_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f6l_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f60C 8f6oC 2aw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25036.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23509.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 15147.877 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTLA 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q7Z6A9 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% PEG 5000 MME + 200mM Magnesium Formate dihydrate + 100mM Sodium Acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→64 Å / Num. obs: 54860 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 7911 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AW2 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.632 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.162 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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