PDB-8f67: Crystal structure of the refolded Penicillin Binding Protein 5 (P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f67

タイトル

Crystal structure of the refolded Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) of Enterococcus faecium

要素

Pbp5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Choy, M.S. / Peti, W. / Page, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f67.cif.gz	373.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f67.ent.gz	303.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f67_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f67_full_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示
XML形式データ	8f67_validation.xml.gz	65.1 KB	表示
CIF形式データ	8f67_validation.cif.gz	88 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3iC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3oC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3tC 8f3uC 8f3zC 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pbp5

B: Pbp5

C: Pbp5

ヘテロ分子

216 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pbp5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pbp5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pbp5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.937, 331.666, 156.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Pbp5 分子量: 69858.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075Q0W3
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 3.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.59→39.63 Å / Num. obs: 57949 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.293 / R_pim(I) all: 0.121 / R_rim(I) all: 0.317 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 393565
反射シェル	解像度: 3.59→3.68 Å / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.096 / Num. measured all: 26257 / Num. unique obs: 4185 / CC_1/2: 0.605 / R_pim(I) all: 0.47 / R_rim(I) all: 1.197 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 3.59→39.63 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	2905	5.04 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1813	57654	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14222	0	330	128	14680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.43	20022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.486	5203
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.59-3.65	0.2603	125	0.2324	2192	X-RAY DIFFRACTION	86
3.65-3.71	0.2398	128	0.2197	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.78	0.2366	148	0.2027	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.85	0.2519	134	0.2115	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-3.93	0.2406	126	0.1963	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.01	0.2322	143	0.1856	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.11	0.2242	148	0.1778	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
4.11-4.21	0.2086	139	0.163	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.32	0.2153	141	0.1558	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.45	0.2176	132	0.1564	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.59	0.1911	123	0.1573	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-4.76	0.2047	147	0.1551	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-4.95	0.1804	119	0.1593	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.17	0.2011	143	0.1664	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-5.44	0.21	160	0.167	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-5.78	0.2148	140	0.1918	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-6.23	0.237	135	0.2026	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
6.23-6.85	0.2261	156	0.1876	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-7.84	0.2165	148	0.1934	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
7.84-9.85	0.1699	147	0.1553	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
9.85-39.63	0.2036	123	0.2011	2742	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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