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- PDB-8f5x: Crystal structure of human eosinophil-derived neurotoxin (EDN, ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5x
タイトルCrystal structure of human eosinophil-derived neurotoxin (EDN, ribonuclease 2) in complex with 5'-adenosine monophosphate (AMP)
要素Non-secretory ribonuclease
キーワードHYDROLASE / EDN / RNase 2 / ribonuclease / eosinophil-derived neurotoxin / transphosphorylase / AMP / adenosine monophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity ...RNA catabolic process / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / chemotaxis / azurophil granule lumen / defense response to virus / nucleic acid binding / lyase activity / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / SUCCINIC ACID / Non-secretory ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tran, T.T.Q. / Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.
資金援助 カナダ, 5件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN202204368 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN201706091 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)CREATE511956 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)251848 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)281993 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Ancestral sequence reconstruction dissects structural and functional differences among eosinophil ribonucleases.
著者: Tran, T.T.Q. / Narayanan, C. / Loes, A.N. / Click, T.H. / Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Harms, M.J. / Calmettes, C. / Agarwal, P.K. / Doucet, N.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-secretory ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5629
ポリマ－15,6121
非ポリマー9508
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 2D 1H-15N HSQC NMR titration experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.780, 52.450, 56.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-secretory ribonuclease / Eosinophil-derived neurotoxin / RNase UpI-2 / Ribonuclease 2 / RNase 2 / Ribonuclease US


分子量: 15611.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE2, EDN, RNS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10153
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2M succinic acid, 0.1M Hepes pH 7.0, 1% MME PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5215 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.41 Å / Num. obs: 13857 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.7611.21.5222.213260.9450.4771.59895.4
1.76-1.83110.5695.813380.9780.1810.59896.1
1.83-1.9110.10.24611.613380.9930.0840.26196.5
1.91-2.029.40.14118.813550.9940.050.1597.3
2.02-2.1410.40.0927.813590.9960.030.09597.6
2.14-2.3111.50.06336.913800.9980.020.06697.6
2.31-2.54120.05142.813770.9980.0150.05398.7
2.54-2.9112.60.04547.214250.9990.0130.04799.2
2.91-3.6611.80.03752.414370.9990.0110.03899.7
3.66-38.4111.80.03156.115220.9990.0090.03299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT4データ抽出
PHASER2.8.3位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GQV

1gqv


解像度: 1.7→38.4 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 1376 9.94 %
Rwork0.178 --
obs0.1799 13839 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1089 0 63 111 1263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6041621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.856451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.64691240.69751192X-RAY DIFFRACTION95
1.76-1.830.42011390.37151197X-RAY DIFFRACTION96
1.83-1.910.27391340.25011200X-RAY DIFFRACTION96
1.91-2.020.23771300.20161224X-RAY DIFFRACTION97
2.02-2.140.20311400.1751218X-RAY DIFFRACTION98
2.14-2.310.2381390.17581241X-RAY DIFFRACTION98
2.31-2.540.19831410.15831236X-RAY DIFFRACTION99
2.54-2.910.19881390.16921286X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.660.15651460.14891291X-RAY DIFFRACTION100
3.66-38.40.14731440.15731378X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0861-0.054-0.05870.03860.04460.06460.01730.01810.1053-0.0250.0408-0.038-0.0512-0.0322-00.19030.01470.00490.1781-0.00080.19387.408515.08185.9271
20.1085-0.0505-0.03910.02770.01480.01590.0356-0.0440.00070.0075-0.0226-0.00950.0041-0.0125-00.2021-0.00750.00210.18730.00180.183611.81483.356412.0307
30.0050.0006-0.01080.01650.00090.0268-0.0492-0.0397-0.02410.1197-0.0658-0.0767-0.14170.057400.2112-0.0021-0.00160.18490.0190.181713.97770.782920.0336
40.05-0.0012-0.03170.00970.00090.02-0.035-0.17120.0972-0.0109-0.057-0.11960.02940.062300.2203-0.00660.00240.2378-0.00840.25620.359913.33794.1473
50.15970.0186-0.00630.02560.00470.06550.0704-0.09120.13920.0045-0.11960.0479-0.05810.006900.22030.00760.03150.19520.01260.248218.19916.03313.6499
60.04250.07080.00450.1596-0.04740.0706-0.06440.07150.2280.06520.06830.1158-0.00510.01540.00170.1495-0.01350.00540.1430.02480.17282.99274.024515.3806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:64)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 65:77)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 78:88)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 89:107)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 108:134)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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