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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f2w | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of a B-Form Dodecamer: 5'-CGCGAATTCGCG-3 | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / AT sequence / Minor groove | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences. 著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. #1: ![]() タイトル: Structure of an alternating B-DNA helix and its relationship to A-tract DNA 著者: Yoon, C. / Prive, G.G. / Goodsell, D.S. / Dickerson, R.E. / Boykin, D.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 868.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 868.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ec1C ![]() 8ed6C ![]() 8edaC ![]() 8edbC ![]() 8f1sC ![]() 8f1vC ![]() 8f20C ![]() 8f2yC ![]() 8f94C ![]() 8fb4C ![]() 8fdpC ![]() 8fdqC ![]() 8fdrC ![]() 1bnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.705840847997, -0.705948755209, -0.0585239465422), (-0.707291258126, -0.706914847883, -0.00323635923381), (-0.0390867429949, 0.0436778303264, -0.998280758935) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.705840847997, -0.705948755209, -0.0585239465422), ベクター: |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Self-complementary native DNA dodecamer (5'-CGCGAATTCGCG-3') 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, MAGNESIUM HEXAHYDRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月2日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal - LN cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→34.3 Å / Num. obs: 16736 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.15 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 16.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / Num. unique obs: 1649 / CC1/2: 0.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BNA 解像度: 1.3→34.29 Å / SU ML: 0.1603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.0597 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.29 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.77594464493 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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