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- PDB-8f2l: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Homoserine transa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f2l
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Homoserine transacetylase in complex with L-Homoserine
要素Homoserine O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Alpha beta hydrolase / L-homoserine (ホモセリン) / acetyl transferase / Methionine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Homoserine/serine acetyltransferase MetX-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ホモセリン / Homoserine O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Jayasinghe, Y.P. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI151924 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of Mycobacterium tuberculosis Homoserine Transacetylase.
著者: Sharma, S. / Jayasinghe, Y.P. / Mishra, N.K. / Orimoloye, M.O. / Wong, T.Y. / Dalluge, J.J. / Ronning, D.R. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Homoserine O-acetyltransferase
A: Homoserine O-acetyltransferase
C: Homoserine O-acetyltransferase
D: Homoserine O-acetyltransferase
E: Homoserine O-acetyltransferase
F: Homoserine O-acetyltransferase
G: Homoserine O-acetyltransferase
H: Homoserine O-acetyltransferase
I: Homoserine O-acetyltransferase
J: Homoserine O-acetyltransferase
K: Homoserine O-acetyltransferase
L: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,24823
ポリマ－462,93812
非ポリマー1,31011
水0
1
B: Homoserine O-acetyltransferase
A: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3954
ポリマ－77,1562
非ポリマー2382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
2
C: Homoserine O-acetyltransferase
D: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3954
ポリマ－77,1562
非ポリマー2382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
3
E: Homoserine O-acetyltransferase
F: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2753
ポリマ－77,1562
非ポリマー1191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
4
G: Homoserine O-acetyltransferase
H: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3954
ポリマ－77,1562
非ポリマー2382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
5
I: Homoserine O-acetyltransferase
J: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3954
ポリマ－77,1562
非ポリマー2382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
6
K: Homoserine O-acetyltransferase
L: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3954
ポリマ－77,1562
非ポリマー2382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.735, 161.735, 249.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Homoserine O-acetyltransferase / / HAT / Homoserine transacetylase / HTA


分子量: 38578.145 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: metXA, metA, Rv3341, MTV016.41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJY9, homoserine O-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-HSE / L-HOMOSERINE / ホモセリン / ホモセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 18% w/v polyethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 161132 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.244 / Χ2: 2.97 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.89→2.94 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Num. unique obs: 15760 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 0.935

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.18.2-3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PUX

6pux


解像度: 2.89→46.96 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2010 1.25 %
Rwork0.1901 --
obs0.1907 160914 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32456 0 0 0 32456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31345151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6234806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0655113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.970.3841390.280211005X-RAY DIFFRACTION96
2.97-3.050.35381500.267911243X-RAY DIFFRACTION97
3.05-3.140.31111320.26211158X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.240.26421390.250611394X-RAY DIFFRACTION98
3.24-3.350.29231400.242611284X-RAY DIFFRACTION99
3.35-3.490.26651490.214411288X-RAY DIFFRACTION99
3.49-3.640.27031460.192611419X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.840.29011480.180711419X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.080.20851400.163111435X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.390.21811510.154711477X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.830.1841420.151611463X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.530.21191460.158911477X-RAY DIFFRACTION100
5.53-6.970.20291450.175711497X-RAY DIFFRACTION100
6.97-46.960.1891430.160211345X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.0673 Å / Origin y: 70.0164 Å / Origin z: -20.6238 Å
111213212223313233
T-0.5655 Å20.0125 Å2-0.0202 Å2-0.218 Å2-0.0222 Å2---0.0111 Å2
L0.2899 °2-0.0004 °2-0.0521 °2--0.1458 °20.0549 °2---0.1406 °2
S0.365 Å °0.0035 Å °-0.0134 Å °0.0799 Å °-0.2264 Å °0.0237 Å °-0.063 Å °0.0112 Å °0.1719 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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