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- PDB-8f0m: Monobody 12D5 bound to KRAS(G12D) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f0m
タイトルMonobody 12D5 bound to KRAS(G12D)
要素
  • Isoform 2B of GTPase KRas
  • Monobody 12D5
キーワードSIGNALING PROTEIN/DE NOVO PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / Ca2+ pathway
類似検索 - 分子機能
P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Hattori, T. / Glasser, E. / Akkapeddi, P. / Ketavarapu, G. / Teng, K.W. / Koide, A. / Koide, S.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA194864 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA201717 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA212608 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA246457 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA225131 米国
American Cancer SocietyPF-18-180-01-TBE 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Exploring switch II pocket conformation of KRAS(G12D) with mutant-selective monobody inhibitors.
著者: Akkapeddi, P. / Hattori, T. / Khan, I. / Glasser, E. / Koide, A. / Ketavarapu, G. / Whaby, M. / Zuberi, M. / Teng, K.W. / Lefler, J. / Maso, L. / Bang, I. / Ostrowski, M.C. / O'Bryan, J.P. / Koide, S.
履歴
登録2022年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Monobody 12D5
C: Isoform 2B of GTPase KRas
D: Monobody 12D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,91810
ポリマ－59,5264
非ポリマー1,3916
水1,838102
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Monobody 12D5
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The binding of monobody 12D5 (chain B, D) to KRAS(G12D) (Chain A, C) was confirmed by gel filtration and bio-layer interferometry (BLI) experiments. Our gel filtration result ...根拠: gel filtration, The binding of monobody 12D5 (chain B, D) to KRAS(G12D) (Chain A, C) was confirmed by gel filtration and bio-layer interferometry (BLI) experiments. Our gel filtration result indicates that the monobody 12D5-KRASG12D complex does not form a dimer. Thus, the contact between two complexes in the AUS is due to the crystal contact.
  • 30.6 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5916
ポリマ－29,7632
非ポリマー8284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
2
C: Isoform 2B of GTPase KRas
D: Monobody 12D5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3274
ポリマ－29,7632
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.386, 44.733, 88.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 6分子 ACBD

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19451.809 Da / 分子数: 2 / 変異: G12D, C51S, C80L, C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 抗体 Monobody 12D5


分子量: 10311.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 106分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% w/v PEG3350, 0.05% w/v benzamidine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 23370 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1168 / CC1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.373 / Χ2: 1.024 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: 000)精密化
PDB-REDO精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 7L0G & 5VPZ

7l0g

5vpz


解像度: 2.44→42.9 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1189 5.1 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2031 23331 96.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 86 102 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.665699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.949601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.510.31341350.25852360X-RAY DIFFRACTION84
2.51-2.640.2881570.23572748X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.810.28641450.23582792X-RAY DIFFRACTION98
2.81-3.030.27081480.2442796X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.330.27771250.20632813X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.810.24021640.19752839X-RAY DIFFRACTION99
3.81-4.80.21521440.16482841X-RAY DIFFRACTION98
4.8-42.90.21641710.19012953X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1947 Å / Origin y: 29.3203 Å / Origin z: 36.6075 Å
111213212223313233
T0.2175 Å2-0.0022 Å2-0.0004 Å2-0.1162 Å2-0.0349 Å2--0.2407 Å2
L1.4052 °2-0.1697 °20.459 °2-0.0917 °20.0822 °2--1.3038 °2
S-0.0655 Å °-0.0289 Å °0.1927 Å °-0.0288 Å °0.0479 Å °-0.0323 Å °-0.0525 Å °-0.0937 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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